Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedkyně Mgr. Lenky Krupičkové, soudce JUDr. Jaroslava Vlašína a soudkyně Mgr. Petry Weissové v právní věci žalobce: HACIENDA MEXICANA s. r. o., IČO: 25304569, se sídlem Českobratrská 1403/2, Ostrava, zast. JUDr. Alfrédem Šrámkem, advokátem, se sídlem Českobratrská 1403/2, Ostrava, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, se sídlem Masarykova 427/31, Brno, o přezkoumání rozhodnutí žalovaného ze dne 3. 7. 2023, č. j. 22488/23/5200‑11433‑706478, o kasační stížnosti žalobce proti rozsudku Krajského soudu v Ostravě ze dne 21. 1. 2026, č. j. 25 Af 32/2023‑142,
takto:
I. Kasační stížnost se zamítá.
II. Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti.
Odůvodnění:
I. Vymezení věci a rozsudek krajského soudu
[1] Žalobce provozuje v Brně restauraci a vykonává další činnosti. Na základě kontroly daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2016 provedené Finančním úřadem pro Jihomoravský kraj (dále jen „správce daně“) mu Finanční úřad pro Moravskoslezský kraj dodatečně zrušil daňovou ztrátu ve výši 228 527 Kč a doměřil podle pomůcek daň ve výši 6 141 370 Kč. Současně mu uložil povinnost uhradit odpovídající penále. Podle zprávy o daňové kontrole nebylo možné stanovit daň dokazováním, zejména s ohledem na neprůkazně vedené evidence tržeb a zásob a nevěrohodnost předložených dokladů. Proti příslušnému dodatečnému platebnímu výměru podal žalobce odvolání, které žalovaný v záhlaví nadepsaným rozhodnutím zamítl a rozhodnutí Finančního úřadu pro Moravskoslezský kraj potvrdil.
[2] Na základě žaloby žalobce Krajský soud v Ostravě (dále jen „krajský soud“) následně rozsudkem ze dne 26. 6. 2024, č. j. 25 Af 32/2023‑10, rozhodnutí žalovaného zrušil a vrátil mu věc k dalšímu řízení. Přisvědčil dvěma dílčím námitkám žalobce, kterými zpochybňoval dostatečně spolehlivé stanovení daně. Žalovaný podle krajského soudu pochybil tím, že nezohlednil přirozené úbytky potravin v rámci poskytování restauračních služeb, které podle odborné literatury činí 4 až 10 % z nakoupených surovin. Dále se žalovaný dostatečně nevypořádal s údaji o jiných restauracích v Brně, které podle srovnání předloženého žalobcem dosahují výrazně nižší obchodní přirážky.
[3] Ke kasační stížnosti žalovaného Nejvyšší správní soud rozsudek krajského soudu zrušil a věc mu vrátil k dalšímu řízení. Ve zrušujícím rozsudku ze dne 17. 6. 2025, č. j. 7 Afs 198/2024‑41 shledal rozsudek krajského soudu nepřezkoumatelným pro nedostatek důvodů. Konkrétně soudu vytkl, že nevysvětlil, proč považoval žalobcem předložené údaje o jiných subjektech za způsobilé zpochybnit obchodní přirážku, kterou správce daně stanovil na základě reálných podkladů týkajících se přímo žalobce. Případné srovnání s jinými subjekty přicházelo z logiky věci v úvahu až při nemožnosti stanovit obchodní přirážku na základě podkladů týkajících se přímo žalobce. Dále krajský soud v souvislosti se závěrem o příliš nízkém zohlednění úbytku surovin nereagoval na argumentaci účastníků řízení a nezohlednil konkrétní skutkové okolnosti. Nejvyšší správní soud mu proto uložil, aby v dalším řízení znovu posoudil obě sporné otázky a po jejich vyjasnění ještě zhodnotil, zda stanovení daně dle pomůcek bylo v daném případě natolik excesivní, že neobstojí z pohledu jeho spolehlivosti.
[4] Krajský soud v dalším řízení žalobu nyní napadeným rozsudkem zamítl. Uvedl, že žalobce předložil evidence, v nichž správce daně identifikoval řadu zásadních nesrovnalostí, které se žalobci nepodařilo věrohodně vysvětlit, respektive odstranit. Obraz jeho podnikání v restaurační činnosti tak zůstal krajně nevěrohodný, neboť vykazované tržby jsou ve zjevném nepoměru k nákladům na spotřebované suroviny a zároveň měl žalobce likvidovat enormní množství nakoupených surovin. Přechod na stanovení daně podle pomůcek byl tak podle krajského soudu opodstatněný.
[5] Krajský soud dále uvedl, že nedošlo k nedovolenému kombinování dokazování a pomůcek. Využitím nezpochybněných dokladů správce daně usiloval o co nejpřesnější výsledek doměření. Krajský soud proto považoval za vhodnou výchozí pomůcku náklady na suroviny vykázané žalobcem. Jako logický a odůvodněný hodnotil i postup, kterým správce daně propočítal výrobní cenu jedné porce (založený na poskytnutých recepturách k nejprodávanějším jídlům a odhadu gramáže porce podle údajů z konkurenčních ceníků), na jejímž základě stanovil obchodní přirážku u jednotlivých pokrmů, následně průměrnou obchodní přirážku a celkovou výši tržeb za prodej pokrmů. Výsledná obchodní přirážka určená správcem daně ve výši 208,66 % je podle krajského soudu pro prodej pokrmů v restauracích víceméně běžná a nejedná se o exces. Krajský soud odmítl, že by správce daně vyvozoval váhu porcí z fotografií; tyto mu sloužily jen ke zpochybnění nereálně velkých údajů o velikosti porcí uváděných v recepturách. Dodal, že koeficient ztrát zahrnutý v recepturách správce daně nijak nemodifikoval. Dále krajský soud uvedl, že správce daně nebyl povinen zohledňovat jednotlivé důvody likvidace zásob, které žalobce nebyl schopen řádně doložit. Ztotožnil se také s hodnocením výpovědí svědků, které podle něj dále prohloubily pochybnosti ohledně doložených účetních podkladů a způsobu likvidace potravin.
[6] Krajský soud nyní nepřisvědčil ani námitce, že správce daně pochybil, pokud nezohlednil přirozené úbytky potravin z důvodu rychlé zkázy či neprodání. V rámci jejího vypořádání odkázal na závěry rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 11. 6. 2025, č. j. 2 Afs 65/2024 ‑ 64, týkajícího se jiného zdaňovacího období. Ve shodě s ním uvedl, že se jednalo o relevantní otázku, kterou se daňové orgány měly zabývat. Jestliže však na druhou stranu odečetly z vypočítaných tržeb věrnostní bonus ve výši 10 %, ačkoliv jej neměli všichni zákazníci žalobce, stává se potenciální výše nezohledněných ztrát potravin v rámci stanovení daně marginální. Nemůže se tak jednat o exces při použití pomůcek. Opaku nenasvědčují ani provedené svědecké výpovědi.
[7] K námitce, že není možné dosahovat tak vysokých tržeb, krajský soud uvedl, že žalobcem předložený znalecký posudek neobsahuje ani základní kritéria výběru porovnávaných zařízení a jeho zpracovatel porovnával výpočet správce daně omezený na restaurační činnost s údaji o celkové výkonové spotřebě srovnávaných subjektů. Obdobně se žalobci podle krajského soudu nepodařilo věrohodně zpochybnit výpočet obchodní přirážky správcem daně srovnáním s jinými restauracemi v Brně. Z tvrzení žalobce totiž neplyne, zda se vůbec jednalo o srovnatelné subjekty a předkládané údaje se týkaly jejich celkové činnosti bez znalosti její struktury. Krajský soud uzavřel, že se žalobci nepodařilo prokázat nepřiměřenost stanovení daně, a to ani dodatkem znaleckého posudku ze dne 31. 1. 2025 předloženým v dalším řízení před krajským soudem. K němu krajský soud uvedl, že předmětem daňového řízení nebylo vyčíslení obchodní přirážky ani existence úměry mezi ní a výší daňové povinnosti. Na výši daňové povinnosti má vliv řada aspektů a proměnných. Zdůraznil rovněž, že obchodní přirážka žalobce byla vypočtena výhradně na základě konkrétních podkladů od žalobce, zatímco u srovnávaného subjektu HAVANA proběhla toliko výběrová analýza přirážek. Za podobně neprůkazné označil i žalobcem prezentované srovnání s dalšími 28 restauracemi.
II. Kasační stížnost žalobce a vyjádření žalovaného
[8] Proti rozsudku krajského soudu podal žalobce (dále též „stěžovatel“) kasační stížnost, jejíž důvody lze podřadit pod § 103 odst. 1 písm. a) a d) zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (dále jen „s. ř. s.“). Navrhuje v ní, aby Nejvyšší správní soud rozsudek krajského soudu zrušil a vrátil mu věc k dalšímu řízení.
[9] Namítá, že daňové orgány neověřily, zda jsou vypočtené tržby v daném typu provozu vůbec dosažitelné. Podle znaleckého posudku a jeho dodatku se přitom vypočtené ukazatele extrémně vymykají běžnému výkonu na relevantním trhu. Již v daňovém řízení k tomu doložil údaje týkající se jeho přímých konkurentů, podle nichž činí správcem daně vypočtená obchodní přirážka téměř dvojnásobek jejich výkonu. Ty byly odmítnuty pro nedostatečné odůvodnění srovnatelnosti vybraných osob se stěžovatelem. Stěžovatel je však v tomto ohledu velmi limitován tím, co lze o ostatních provozech zjistit z veřejně dostupných zdrojů. Unést důkazní břemeno tak, jak ukládají rozhodnutí žalovaného, Nejvyššího správního soudu a nyní i krajského soudu, je nemožné. Dochází proto k porušení práva stěžovatele na spravedlivý proces. To dokresluje i výsledek postupu daňových orgánů v návaznosti na první (zrušující) rozsudek krajského soudu. Správce daně poté vyzval srovnávané subjekty k poskytnutí údajů o svém provozu, přičemž pouze jeden z nich výzvě plně vyhověl. V návaznosti na to stěžovatel požádal znalce o doplnění znaleckého posudku na základě dat získaných správcem daně. Z dodatku znaleckého posudku vyplývá, že výpočet hospodářského výsledku stěžovatele učiněný daňovými orgány je vůči srovnávanému subjektu HAVANA významně disproporční prakticky ve všech zkoumaných parametrech. Krajský soud se s dodatkem znaleckého posudku vypořádal nedostatečně, neboť vůbec nehodnotil klíčové zjištění znalce o zcela rozdílné rentabilitě nákladů. Získané údaje se přitom týkaly pouze restaurační činnosti a stěžovatel i subjekt HAVANA vykázali srovnatelné náklady na nákup surovin. Podle výpočtu správce daně měl však stěžovatel ze srovnatelného množství surovin vygenerovat o 40 % vyšší tržby, v nominální hodnotě se jedná o 11 mil. Kč. Touto disproporcí se krajský soud vůbec nezabýval. Ukazuje přitom na zásadní logické deficity výpočtu daňové povinnosti správcem daně, které způsobují nespolehlivost stanovené daně pro její extrémně nepřiměřenou výši.
[10] Dále stěžovatel označuje za účelovou argumentaci žalovaného, který odmítl srovnání s jinými subjekty s odůvodněním, že nemohl dohledat žádný srovnatelný subjekt, neboť stěžovatel podnikal i v jiných oblastech než jen v restauračních službách. Stanovil‑li správce daně gramáž porcí podle údajů, které získal z konkurenčních ceníků, byly tyto podniky v základních parametrech srovnatelné. Daňové orgány se navíc zabývaly toliko restaurační činností stěžovatele, z hlediska porovnání tudíž nebyla jeho další podnikatelská činnost relevantní. Zpochybňoval‑li správce daně gramáž v doložených recepturách, měl si velikosti porcí ověřit u stěžovatele prostřednictvím místního šetření a nevzít automaticky za rozhodné velikosti u konkurenčních podniků.
[11] Krajský soud se měl ve svém rozsudku zabývat dodatkem ke znaleckému posudku. V řízení před krajským soudem je možné provádět dokazovaní bez ohledu na to, zda ho Nejvyšší správní soud zavázal k zamítnutí žaloby. Původní závěry jeho zrušujícího rozsudku již nemohou ve světle dodatku obstát. Původní pochybnosti o srovnatelnosti porovnávaných subjektů totiž rozptýlil sám žalovaný v navazujícím řízení získáním údajů o srovnatelném subjektu HAVANA.
[12] Stěžovatel dále namítá, že nebyly splněny ani podmínky pro přechod na stanovení daně dle pomůcek. Správci daně poskytoval řádně součinnost a předložil řadu důkazů k prokázání svých tvrzení. Narážel však na odmítavý přístup správce daně, který považoval předložené doklady pro dílčí nesrovnalosti za neprůkazné jako celek. Zároveň požadoval předložit doklady podle vlastního výběru (např. denní tržby), ačkoliv je stěžovatel není povinen vést a je na něm prostřednictvím kterých dokladů unese své důkazní břemeno. Stěžovatel předložil tzv. pomocnou evidenci zpracovanou na základě údajů z pokladního systému KERBEROS. Správce daně měl k dispozici také elektronicky evidované tržby minimálně za prosinec 2016. Zjištěné nesrovnalosti při odesílání storen tržeb byly spíše administrativního charakteru (byly provedeny za určité období najednou, nikoli průběžně). Správce daně tak mohl a měl při konstrukci pomůcek využít data z této evidence, případně s ní stanovený odhad alespoň konfrontovat. Současně měl dostatek podkladů k tomu, aby stanovil výši daně dokazováním, neboť disponoval pomocnou evidencí, účetními záznamy, inventurami i záznamy z EET. Pomůcky nesmí sloužit jako prostředek trestání daňového subjektu, daňové orgány je však v nynější věci takto využily. I daňové doklady vykazující dílčí nesrovnalosti mohou být použity pro stanovení daně, která by dosáhla reálnější výše.
[13] Žalovaný podal ke kasační stížnosti vyjádření, v němž odkázal na své rozhodnutí, vyjádření k žalobě a na rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 23. 4. 2026, č. j. 2 Afs 218/2025 ‑ 42 a č. j. 2 Afs 219/2025 ‑ 42, týkající se stěžovatele a téže daňové problematiky (doměření daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období let 2013 až 2015 podle pomůcek). Ke kasační argumentaci dodal, že obchodní přirážka byla stěžovateli stanovena s vysokou přesností na základě jeho prodejních ceníků a nákupních cen surovin podle účetnictví. To, že je stanovený základ daně reálný, vyplývá také z porovnání s výnosy stěžovatele po zavedení EET. Žalovaný zdůraznil, že daňový subjekt nemá právo požadovat využití konkrétních pomůcek, tedy ani srovnání s jinými subjekty. K tomu poukázal na specifika podnikání stěžovatele, kvůli nimž nemohl správce daně vyhledat vhodný srovnávaný subjekt. Dovolával‑li se stěžovatel srovnání, ačkoliv správce daně vycházel z podkladů týkajících se přímo něj, tížilo ho důkazní břemeno stran srovnatelnosti jiných subjektů. Kritéria, na jejichž základě je dovozována srovnatelnost jiných podniků se stěžovatelem, neplynou podle žalovaného ani ze znaleckého posudku a jeho dodatku. Znalcem provedené srovnání rentability nákladů pak vychází z údajů týkajících se celé podnikatelské činnosti stěžovatele, pročež nemá vypovídací hodnotu. Znalecký posudek i jeho dodatek srovnávají nesrovnatelné, trpí tedy stejnými deficity, kterými se již zabýval Nejvyšší správní soud ve svém zrušujícím rozsudku. Žalovaný proto navrhl, aby Nejvyšší správní soud kasační stížnost zamítl.
III. Posouzení věci Nejvyšším správním soudem
[14] Nejvyšší správní soud posoudil kasační stížnost v mezích jejího rozsahu a uplatněných důvodů a zkoumal přitom, zda napadené rozhodnutí netrpí vadami, k nimž by musel přihlédnout z úřední povinnosti (§ 109 odst. 3 a 4 s. ř. s.).
[15] Jelikož Nejvyšší správní soud rozhoduje ve věci stěžovatele podruhé, zabýval se nejprve přípustností kasační stížnosti, neboť podle § 104 odst. 3 písm. a) s. ř. s. je nepřípustná kasační stížnost proti rozhodnutí, jímž soud rozhodl znovu poté, kdy jeho původní rozhodnutí bylo zrušeno Nejvyšším správním soudem; to neplatí, je‑li jako důvod kasační stížnosti namítáno, že se soud neřídil závazným právním názorem Nejvyššího správního soudu. Účelem tohoto pravidla je vyloučit z opakovaného posuzování ty otázky, k nimž kasační soud ve svém prvním rozsudku již vyslovil závazný právní názor (usnesení rozšířeného senátu NSS ze dne 22. 3. 2011, č. j. 1 As 79/2009‑165, č. 2365/2011 Sb. NSS).
[16] V posuzované věci podal kasační stížnost proti prvnímu rozsudku krajského soudu žalovaný a Nejvyšší správní soud se konkrétně zabýval závěry krajského soudu stran povinnosti daňových orgánů zohlednit přirozené úbytky potravin a vypořádat se s údaji o jiných subjektech, s nimiž se stěžovatel srovnával v daňovém řízení. Z důvodu nepřezkoumatelnosti těchto závěrů pro nedostatek důvodů jeho rozsudek zrušil. Kasační stížnost proti v pořadí druhému rozsudku krajského soudu podal žalobce (stěžovatel). Zpochybnil v ní, že byly splněny zákonné podmínky pro přechod na stanovení daně podle pomůcek (§ 98 odst. 1 daňového řádu) a napadl věcně závěr krajského soudu, že na základě zvolených pomůcek byla daň stanovena spolehlivě, neboť stěžovatel relevantně nezpochybnil výsledek odhadu. Těmito otázkami se Nejvyšší správní soud v jejich celistvosti dosud věcně nezabýval.
[17] Kasační stížnost je tudíž přípustná, není však důvodná. Nejvyšší správní soud předesílá, že při posouzení její důvodnosti navázal na závěry, k nimž dospěl druhý senát v rozsudcích č. j. 2 Afs 219/2025‑42 a č. j. 2 Afs 218/2025 ‑ 44, které se týkají týchž účastníků i stejných právních otázek. Po seznámení se s věcí a obsahem kasační stížnosti totiž neshledal důvod se od nich odchýlit.
[18] Stěžovatel napadá rozsudek krajského soudu také pro jeho nepřezkoumatelnost, konkrétně však spíše nesouhlasí s tím, jak krajský soud hodnotil dodatek znaleckého posudku, který v dalším řízení provedl jako důkaz, tedy ve skutečnosti nesouhlasí s jeho právním posouzením. Nesouhlas stěžovatele s právním hodnocením krajského soudu však nezakládá nepřezkoumatelnost jeho rozsudku (srov. rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 11. 2013, č. j. 2 As 47/2013 ‑ 30, ze dne 29. 4. 2010, č. j. 8 As 11/2010 ‑ 163, ze dne 6. 12. 2016, č. j. 7 As 179/2016 ‑ 37, nebo ze dne 12. 10. 2020, č. j. 4 As 392/2019 ‑ 52). Již prostá skutečnost, že stěžovatel se závěry obsaženými v napadeném rozsudku věcně polemizuje, svědčí o tom, že nepřezkoumatelností pro nedostatek důvodů napadený rozsudek netrpí.
[19] Přestože stěžovatel primárně napadá závěr krajského soudu o splnění třetí podmínky pro stanovení daně podle pomůcek, tedy že daň byla podle nich stanovena spolehlivě, zabýval se Nejvyšší správní soud s ohledem na logiku soudního přezkumu nejprve jeho námitkami proti závěru krajského soudu, že stěžovatel nesplnil při dokazování svých daňových tvrzení zákonné povinnosti, a proto nebylo možné stanovit daň dokazováním (§ 98 odst. 1 daňového řádu).
[20] Nutno podoktnout, že stěžovatel vede svou argumentaci proti tomuto závěru ve velmi obecné rovině. Tvrdí, že reagoval na všechny výzvy správce daně a navrhoval nezanedbatelný počet důkazů k prokázání svých tvrzení. Tím však nijak nevyvrací závěr žalovaného a krajského soudu o nedostatečné kvalitě jeho procesní aktivity. V této souvislosti zmiňuje pouze to, že správce daně odmítl uznat výdejky, příjemky či soupisy tržeb, které shledal neprůkaznými, ač trpěly pouze dílčími nesrovnalostmi, a odkazuje na údaje získané z pokladního systému KERBEROS. Krajský soud však učinil závěr o tom, že daň nebylo možné stanovit dokazováním, na základě řady dílčích skutečností, které podrobně rozebral v bodech 33 až 40 napadeného rozsudku. Z těch zásadních lze poukázat na to, že stěžovatel předložil evidenci tržeb, která byla nepřehledná a zatížená řadou nepřesností, neopodstatněných zásahů a nekorespondovala s předloženými pokladními doklady. Dále nepředložil kompletní průběžnou skladovou evidenci ani inventarizaci majetku a zásob, nedoložil šeky, kterými si ve velkém rozsahu snižoval své tržby evidované v pokladním systému, odečty prováděl v některých případech duplicitně, nedoložil způsob likvidace prošlých zásob a některé doklady byly zjevně dodatečně upraveny. To se týká zejména údajů získaných ze systému KERBEROS, na které stěžovatel poukazuje. Žalovaný ve vztahu k nim dospěl v rámci hodnocení svědecké výpovědi Ing. V. ve shodě se správcem daně k závěru, že stěžovatelem předložené výstupy z tohoto systému nejsou věrohodné. Jako základní problém označily daňové orgány fakt, že předložené výstupy byly pozměňovány, přičemž tuto skutečnost nedokázal vysvětlit ani Ing. V. jako externí správce uvedeného systému (srov. zejména odst. 82 rozhodnutí žalovaného). Ten navíc sám dosvědčil, že výstupy ze systému KERBEROS, které předložil stěžovatel, nebylo možné v takové verzi ze systému vygenerovat. Tuto argumentaci stěžovatel v kasační stížnosti nijak věcně nezpochybnil.
[21] Při množství pochybení identifikovaných daňovými orgány, které krajský soud aproboval, tedy nelze přisvědčit kasační námitce stěžovatele, že předložené podklady obsahovaly toliko chyby v psaní a počtech. Nesrovnalosti, které vedly správce daně k závěru o nemožnosti stanovit daň dokazováním, byly rozsáhlé a byly zjevně věcného, nikoli formálního charakteru (viz souhrn v bodě 47 rozhodnutí žalovaného).
[22] Jako nepřípustnou Nejvyšší správní soud vyhodnotil argumentaci, v níž stěžovatel odkazuje na to, že správce daně měl k dispozici elektronicky evidované tržby za období prosinec 2016. Stěžovatel ji neuplatnil v žalobě, nemůže se jí tak poprvé zabývat kasační soud (srov. § 104 odst. 4 s. ř. s.). Krom toho je poněkud nesrozumitelná souvislost odkazované skutečnosti s otázkou, zda stěžovatel splnil při dokazování svých daňových tvrzení své zákonné povinnosti. Nejvyššímu správnímu soudu není zřejmé, jak by byly údaje z této evidence za jeden měsíc způsobilé vyvrátit či překlenout závěr daňových orgánů, že účetnictví předložené stěžovatelem vykazovalo zásadní nedostatky (viz výše), navíc za situace, kdy sám stěžovatel připouští nesrovnalosti i v této evidenci. Ostatně stěžovatel současně dovozuje, že údaje z EET měly být využity při stanovení daně podle pomůcek, čímž svou argumentaci stran údajů z EET jako nástroje významného z hlediska splnění podmínek pro přechod na pomůcky sám oslabuje.
[23] K námitce stěžovatele, že správce daně trval na předložení dokladů, které stěžovatel nemá a ani není povinen mít, lze v obecné rovině uvést, že volba důkazních prostředků byla primárně na něm. Rovněž je pravdou, že správce daně nemohl požadovat předložení podkladů (evidence), které zákon stěžovateli neukládá vytvářet. Stěžovatel nepochybně mohl předložit doklady či evidence odlišné od těch, které jmenoval správce daně ve svých výzvách, pokud by jimi byl s to prokázat svá tvrzení. V posuzované věci nicméně správce daně stěžovatele k předložení konkrétních dokladů nenutil. Zmiňuje‑li stěžovatel v kasační stížnosti konkrétně denní tržby, nekladl mu správce daně k tíži jejich nepředložení. Pochybení stěžovatele totiž nespatřoval v tom, že nevedl soupis denních tržeb, nýbrž že věrohodným a průkazným způsobem nedoložil skutečnou výši tržeb. Důvody, proč nelze mít jednotlivé předložené výkazy tržeb za věrohodné ani průkazné, popsal správce daně podrobně na stranách 22 až 33 zprávy o daňové kontrole. Zmiňovaný soupis denních tržeb mohl stěžovateli napomoct unést důkazní břemeno ohledně uvedené skutečnosti. Jeho nepředložení však samo o sobě nevedlo k závěru o splnění podmínek pro stanovení daně podle pomůcek.
[24] Lze shrnout, že daňové orgány a následně krajský soud dostatečně konkrétně vymezily nedostatky dokladů a způsobu vedení evidencí, které stěžovatel předložil při daňové kontrole. Popsané nedostatky jsou skutečně tak zásadního charakteru, že stanovení daně dokazováním nebylo prakticky možné. V rámci daňové kontroly byla spolehlivě ověřena toliko výše nákladů na pořízení nápojů a surovin. Jejich následné využití v provozu stěžovatele však nebylo doloženo věrohodnými a průkaznými podklady, přičemž zásadní nedostatky byly zjištěny především při vykazování tržeb. Na základě podkladů, které měl správce daně k dispozici, tak nebylo možné stanovit výši tržeb (výnosů) dokazováním. Za této situace byla „zatemněna“ podstatná část účetnictví týkající se hlavní podnikatelské činnosti stěžovatele, takže byly splněny podmínky pro stanovení daně podle pomůcek. Postup správce daně nebyl toliko reakcí na nedostatečnou kvalitu stěžovatelovy procesní aktivity, ale na objektivní nemožnost stanovit daň dokazováním. Jeho názor, že daňové orgány využily institut pomůcek toliko k jeho sankcionování, je proto zcela lichý.
[25] V hlavním okruhu námitek pak stěžovatel brojí proti úvahám krajského soudu o spolehlivosti pomůcek a s ní související přiměřenosti výše doměřené daně. Těmito otázkami se Nejvyšší správní soud okrajově zabýval již v předchozím zrušujícím rozsudku, kde krajskému soudu uložil, aby ověřil, zda správce daně na základě podkladů stěžovatele spolehlivě stanovil obchodní přirážku (resp. daň), a při tom zhodnotil, zda jsou tvrzení stěžovatele o příliš vysoce stanovené obchodní přirážce natolik přesvědčivá a podložená, že jsou skutečně způsobilá zpochybnit dostatečnou spolehlivost daně stanovené dle pomůcek zvolených správcem daně.
[26] Nejvyšší správní soud k tomuto okruhu námitek připomíná svou ustálenou judikaturu, podle níž platí, že zpochybňuje‑li daňový subjekt dostatečnou spolehlivost daně stanovené dle pomůcek, je povinen uvést nejen to, z jakých důvodů považuje stanovený základ daně a výši daně za zcela nepřiměřené, ale i podložit své tvrzení relevantními důkazy. Důkazní břemeno ohledně prokázání nedostatečné spolehlivosti výsledné daňové povinnosti tedy leží na daňovém subjektu, neboť on podává toto tvrzení. Namítaná nedostatečná spolehlivost se pak musí vždy týkat pouze celkového výsledku stanovení daně za použití pomůcek a není možné domáhat se použití konkrétních pomůcek (rozsudky ze dne 18. 7. 2007, č. j. 9 Afs 28/2007‑156, ze dne 30. 5. 2011, č. j. 8 Afs 69/2010‑103, ze dne 2. 4. 2014, č. j. 1 Afs 20/2014‑40, ze dne 16. 6. 2015, č. j. 5 Afs 252/2015‑40, ze dne 12. 7. 2018, č. j. 10 Afs 371/2017 ‑ 69, ze dne 25. 11. 2021, č. j. 6 Afs 187/2020‑45, či ze dne 28. 3. 2025, č. j. 7 Afs 288/2023 ‑ 57).
[27] Stěžovatel založil zpochybnění dostatečné spolehlivosti daně stanovené podle pomůcek na srovnávání svého provozu s provozy jiných restauračních subjektů. S ohledem na výše popsané rozložení důkazního břemene to byl proto on, koho tížilo důkazní břemeno ohledně toho, že srovnávané subjekty na obou stranách, jakož i srovnávaná data jsou způsobilé ke srovnání. Také volba důkazních prostředků byla na stěžovateli. Nelze klást k tíži daňových orgánů, pokud stěžovatel své důkazní břemeno neunesl. Neunesení důkazního břemene nezakládá povinnost správce daně opatřovat relevantní důkazy namísto daňového subjektu. Jinými slovy, zvolil‑li stěžovatel tento způsob zpochybnění dostatečné spolehlivosti daně stanovené podle pomůcek, pak se sám vystavil limitům ve vztahu k informacím, které je schopen ohledně provozů jiných restauračních subjektů zjistit. Eventuální nemožnost unést důkazní břemeno ohledně toho, že srovnávané subjekty na obou stranách, jakož i srovnávaná data jsou ke srovnání způsobilé, není porušením práva na spravedlivý proces. Jedná se primárně o důsledek toho, že doměření daně podle pomůcek je náhradním způsobem stanovení daně, k němuž se musely daňové orgány uchýlit v důsledku toho, že stěžovatel nesplnil své povinnosti při dokazování svých daňových tvrzení. Pokud je jeho pozice při vedení polemiky nad splněním třetí podmínky pro stanovení daně podle pomůcek (spolehlivost výše daně) ztížena, je to výlučně důsledkem toho, že nebyl schopen předložit úplné, věrohodné a průkazné účetnictví.
[28] V souladu se závazným právním názorem zrušujícího rozsudku č. j. 7 Afs 198/2024 ‑ 41 se krajský soud v napadeném rozsudku znovu zabýval argumentací stěžovatele, v níž poukazoval na 9 subjektů, které údajně vykazovaly podobné rysy jako on a které nedosahovaly tak vysoké obchodní přirážky, jako která byla stěžovateli stanovena prostřednictvím pomůcek. Je zřejmé, že v tomto ohledu krajský soud zcela převzal závěry, k nimž dospěl Nejvyšší správní soud v jiné věci stěžovatele (doměření daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období let 2013 až 2015) v rozsudku č. j. 2 Afs 65/2024 ‑ 64 (body [24] a [25]). Nedostatečnou výpovědní hodnotu informací předložených stěžovatelem tedy již jednou vyvrátil sám Nejvyšší správní soud. Jelikož stěžovatel v kasační stížnosti nepřináší žádnou věcnou polemiku s tímto posouzením a toliko opakuje, že dané subjekty vnímá jako své konkurenty v rámci Brna a poukazuje na svůj informační deficit (viz výše bod [27]), nemá Nejvyšší správní soud důvod se od své argumentace, v podstatě doslova citované krajským soudem, jakkoliv odchylovat.
[29] Stěžovatel nicméně v určitém ohledu svou argumentaci založenou na srovnání s jinými subjekty prohloubil po zrušení prvního rozsudku krajského soudu a vrácení věci k dalšímu řízení. Reagoval na to, že žalovaný v mezidobí pokračoval v odvolacím řízení, v němž se mu podařilo opatřit podrobnější informace o jednom ze subjektů, které stěžovatel subjektivně považoval za srovnatelné (HAVANA). Na podkladě těchto dodatečně získaných informací nechal zpracovat dodatek znaleckého posudku, který předložil krajskému soudu. Stěžovatel brojí v kasační stížnosti proti způsobu, jakým krajský soud posoudil tento důkaz.
[30] V tomto ohledu je však poněkud mimoběžná jeho námitka, že krajský soud byl povinen provést důkaz dodatkem znaleckého posudku a vypořádat se se závěry v něm obsaženými. Krajský soud totiž učinil vše, co stěžovatel v kasační stížnosti požaduje, tedy provedl při jednání důkaz dodatkem znaleckého posudku a zhodnotil jej (viz body 73 až 82 rozsudku). Dospěl nicméně k závěru, že ani jím nebylo prokázáno, že správce daně nestanovil daň podle pomůcek dostatečně spolehlivě. Krajský soud se při tom neodvolával na závazný právní názor Nejvyššího správního soudu, což ostatně ani nemohl, neboť Nejvyšší správní soud se v předchozím rozsudku nezabýval obsahem dodatku znaleckého posudku. Své závěry krajský soud nezaložil na tom, že by společnost provozující restauraci HAVANA nebyla srovnatelným subjektem, nýbrž poukázal na nedostatky dodatku znaleckého posudku (počínaje vymezením znaleckého úkolu, přes různou podrobnost údajů týkajících se porovnávaných subjektů a konče tím, že znalec nedoložil nereálnost dosažení tržeb plynoucích z užití pomůcek).
[31] Stěžovatel odkazuje především na analýzu provedenou znalcem v dodatku znaleckého posudku. Z ní však v prvé řadě vyplývá to, že obchodní korporace 5 (podle znalce se jedná o společnost provozující restauraci HAVANA) uplatňovala ve vztahu ke svým 9 nejprodávanějším pokrmům kalkulační přirážku ve výši 250,88 %. Toto zjištění zcela vyvrací stěžejní argument, na němž byla postavena žaloba a podle nějž je kalkulační (obchodní) přirážka aplikovaná ve vztahu ke stěžovateli správcem daně ve výši 208,66 % zcela nepodložená a nesmyslně vysoká. Dodatek znaleckého posudku, vycházející z dat dodatečně opatřených žalovaným, tak dokládá reálnost pomůcky (metody) užité správcem daně.
[32] Stěžovatel se dovolává srovnatelnosti s daným subjektem na základě toho, že v roce 2015 dosahovaly náklady na nákup surovin obou společností obdobné výše. Krom toho, že tato výchozí premisa již nemusela v roce 2016, který je předmětem této věci, platit, je podstatné, že tento údaj nelze chápat jako kritérium srovnatelnosti tak, jak je vyložil Nejvyšší správní soud v rozsudku č. j. 2 Afs 65/2024 ‑ 64. Nedostačující je v tomto ohledu i zcela obecné tvrzení, že společnost HAVANA‑RESTAURANT, s.r.o. provozuje pouze restaurační činnost, která se druhově podobá stěžovatelově (stěžovatel spatřuje dostatečnou podobnost obou restaurací již jen ve srovnatelnosti lokalit a úrovni restauračních služeb projevující se podobným cenovým nastavením). Žádnou další argumentaci, z níž by vyplýval závěr, že oba restaurační provozy jsou skutečně srovnatelné, resp. že jsou vzájemně srovnatelná získaná data o obou provozech, stěžovatel nepředkládá. Naopak, jak identifikoval Nejvyšší správní soud v rozsudku č. j. 2 Afs 219/2025 ‑ 42: „Stěžovatelka, stejně jako znalec pominuli informaci obsaženou v příloze k účetní závěrce za rok 2015 společnosti HAVANA‑RESTAURANT, s.r.o., podle níž provozovala nejen restauraci, ale také cukrárnu a od listopadu 2014 též privátní bar (klub). Z dodatku znaleckého posudku nevyplývá, že by znalec rozčlenil stav nákladového a výnosového účtu, z nichž vycházel, podle jednotlivých provozů (údaje užité znalcem v analýze rentability nákladů odpovídají údajům z účetní závěrky společnosti HAVANA‑RESTAURANT, s.r.o., v níž se zrcadlí veškerá její činnost, nikoliv jen výsledky dosažené provozem restaurace). Dále není zřejmé, jaký je obchodní model srovnávaných restaurací, například zda nabízí zvýhodněná polední menu, zajišťují catering, firemní či jiné společenské akce a jakou měrou se podílí na tržbách. Především však znalec nenabízí žádné vysvětlení toho, proč obchodní přirážka je u restaurace HAVANA zhruba poloviční oproti kalkulační přirážce ke stanovení ceny pokrmů. Neidentifikuje žádnou okolnost (např. ‚ekonomickou zákonitost‘), která by se na tomto výsledku podílela, a kterou by tedy bylo třeba nezbytně vzít v úvahu i ve vztahu k restauračnímu provozu stěžovatelky. Domněnku vyslovenou znalcem, že správce daně nadsadil tržby stěžovatelky, rozhodně nelze za tohoto stavu považovat za přesvědčivou, neboť je zcela nepodložená. Obdobně by bylo možné vyslovit i zcela nepodloženou domněnku, zda nedochází ke krácení tržeb i v účetnictví srovnávaného zařízení. Zjištění znalce však může mít i jiné vysvětlení související např. se specifiky provozu srovnávaného subjektu. Tezi o srovnatelnosti obou porovnávaných společností zpochybňuje i údaj o průměrném počtu zaměstnanců a výši mzdových nákladů. Společnost HAVANA‑RESTAURANT, s.r.o. měla v roce 2015 průměrný počet zaměstnanců 34 na hlavní pracovní poměr, přičemž mzdové náklady činily 3 394 000 Kč. Stěžovatelka měla jen 24 zaměstnanců a mzdové náklady dosáhly 3 432 000 Kč. Stěžovatelka tak měla o třetinu méně zaměstnanců (výrazně lépe placených) a stejnou výkonovou spotřebu jako společnost HAVANA‑RESTAURANT, s.r.o. Pokud tedy znalec výlučně na základě několika málo dat o provozu společnosti HAVANA‑RESTAURANT, s.r.o. dovodil pravidlo, že výše obchodní přirážky nemůže odpovídat průměrné kalkulační přirážce nejprodávanějších pokrmů, aniž by svůj závěr opřel o poznatky ekonomických věd, zejména zabývajících se podnikovým hospodářstvím, a provázal jej s relativně detailními informacemi o podnikatelské činnosti srovnávaného subjektu a stěžovatelky, nelze mít tento závěr za přesvědčivý, neboť se jeví nepodloženým. NSS nadto s krajským soudem souhlasí v tom, že analýza provozu restaurace HAVANA neprokazuje, že by stěžovatelka nemohla dosahovat správcem daně odhadnutého ekonomického výkonu.“
[33] Stěžovatel klade v kasační stížnosti zásadní důraz na porovnání rentability nákladů provedené znalcem. Není pravda, že by se krajský soud tímto aspektem, na nějž poukázal stěžovatel spíše okrajově ve svém podání ze dne 29. 7. 2025, vůbec nezabýval. V bodě 80 rozsudku krajský soud uvedl, že pokud stěžovatel po zohlednění dalších údajů uvedených v účetních výkazech má oproti společnosti HAVANA‑RESTAURANT, s.r.o. výrazně vyšší výkonnost a daňové zatížení, neprokazuje to bez dalšího, že by stěžovatel této vyšší výkonnosti nemohl dosáhnout. I když tedy krajský soud nepoužil přímo termín „rentabilita nákladů“, vypořádal se s podstatou tohoto tvrzení stěžovatele. Z pohledu uplatněné kasační argumentace k tomu postačí dodat, že znalec při výpočtu rentability nákladů vycházel z údajů, které se týkají všech druhů podnikatelské činnosti stěžovatele, tj. včetně provozování koupaliště, pronájmu prostor a reklamní činnosti. Srovnání s ostatními subjekty (ať již společností HAVANA‑RESTAURANT, s.r.o., či vzorkem dalších subjektů uvedených v příloze č. 1 k dodatku znaleckého posudku) tak nemá vypovídací hodnotu, neboť nebylo doloženo, že by bylo porovnáváno obdobné s obdobným. Dovolává‑li se stěžovatel v této souvislosti rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 18. 7. 2007, č. j. 9 Afs 28/2007‑156, lze uvést, že z něj nevyplývá potřeba vycházet při stanovení daně podle pomůcek z ukazatelů rentability nákladů. Stěžovatel zvýraznil části odůvodnění uvedeného rozsudku, z nichž vyplývá, jakými typovými námitkami proti spolehlivosti daně stanovené podle pomůcek se může soud zabývat. To krajský soud v nyní posuzované věci učinil, přičemž zdůraznil, že z dodatku znaleckého posudku neplyne, že by stěžovatel nemohl dosáhnout takových výsledků, které dovodil správce daně na základě užitých pomůcek (a tedy i vyšší výkonnosti ve srovnání s konkurenty). Požadavkům plynoucím z judikatury (např. stěžovatelkou zmíněného rozsudku) tedy krajský soud dostál.
[34] Závěr znalce, že neexistuje přímý vztah mezi cenou spotřebovaných surovin a výší základu daně, resp. výsledné daňové povinnosti, nijak nezpochybňuje postup daňových orgánů, které netvrdily opak. Jak již uvedl krajský soud, na hospodářský výsledek, od nějž se odvozuje základ daně a daň, má vliv mnoho položek, nikoliv pouze na jedné straně náklady na spotřebované suroviny a nápoje a na druhé straně tržby, ale také např. výše osobních nákladů, nájemného, odpisů, nákladových úroků atd. Hospodářský výsledek i základ daně se přitom stanoví ve vztahu ke všem podnikatelským činnostem daňového subjektu souhrnně. To vše značně oslabuje vypovídací hodnotu dogmatického srovnání různých daňových subjektů.
[35] Výtky stěžovatele, že žalovaný odmítl jeho požadavek na porovnání s jiným subjektem s účelovým odůvodněním o chybějícím srovnatelném subjektu a že stanovil velikosti porcí „od stolu“, pak svou podstatou míří k tomu, aby správce daně použil jiné pomůcky. Podle ustálené judikatury se však daňový subjekt nemůže účastnit výběru pomůcek; jejich použití lze napadat jen skrze námitku, že výsledná daňová povinnost je v hrubém nepoměru k dani, která měla být stanovena. Z výše uvedeného plyne, že to se stěžovateli prokázat nepodařilo.
[36] Na závěr lze připomenout, že stanovení daně podle pomůcek je kvalifikovaným odhadem, jemuž je vlastní určitá míra nepřesnosti. Je tedy možné, že ekonomický výsledek stěžovatele byl v rozhodném období nižší, čemuž by měla odpovídat i nižší daňová povinnost, pokud by ji bylo možné stanovit dokazováním. K tomuto závěru však chybí důkazy, které nemůže nahradit odkaz na hospodářské výsledky (toliko) jednoho možného konkurenta stěžovatele. Ve vztahu k té části dodatku znaleckého posudku, v níž znalec pracuje s ekonomickými výkazy jiných subjektů provozujících restaurační zařízení (viz přílohu dodatku), platí výhrady, které vznesl Nejvyšší správní soud již v rozsudku č. j. 2 Afs 65/2024‑64 (body [24] a [25]). Nadto nadále platí to, co uvedl Nejvyšší správní soud v předchozím zrušujícím rozsudku č. j. 7 Afs 198/2024‑41, tedy, že užití pomůcky spočívající ve srovnání stěžovatele s jinými subjekty by z logiky věci přicházelo v úvahu spíše až při nemožnosti stanovit obchodní přirážku na základě stěžovatelových podkladů, čemuž tak v dané věci nebylo. Je totiž zřejmé, že stanovení daně na základě nezpochybněných podkladů přímo daňového subjektu ze své povahy nejlépe umožňuje co možná nejpřesnější stanovení daňové povinnosti.
IV. Závěr a náklady řízení
[37] S ohledem na výše uvedené dospěl Nejvyšší správní soud k závěru, že kasační stížnost není důvodná, a proto ji podle § 110 odst. 1 věty druhé s. ř. s. zamítl.
[38] Výrok o náhradě nákladů řízení o kasační stížnosti se opírá o § 60 odst. 1 ve spojení s § 120 s. ř. s. Stěžovatel nemá právo na náhradu nákladů řízení, neboť ve věci neměl úspěch. Žalovanému žádné náklady nad rámec jeho úřední činnosti nevznikly, a proto mu soud náhradu nákladů řízení nepřiznal.
Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné.
V Brně dne 12. srpna 2026
Mgr. Lenka Krupičková
předsedkyně senátu
