Nejvyšší správní soud rozhodl v senátě složeném z předsedkyně senátu Veroniky Juřičkové, soudkyně Lenky Matyášové a soudce Viktora Kučery v právní věci žalobkyně: CS SOFT a.s., sídlem Aviatická 1048/12, Praha 6, zastoupená JUDr. Jakubem Hlínou, LL.M., advokátem, sídlem Havlíčkova 1680/13, Praha 1, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, sídlem Masarykova 427/31, Brno, proti rozhodnutí žalovaného ze dne 27. 6. 2025, č. j. 17012/25/ 5200‑11433‑713211, o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Městského soudu v Praze ze dne 16. 2. 2026, č. j. 17 Af 19/2025‑66,
takto:
- Kasační stížnost žalobkyně se zamítá.
- Žalobkyně nemá právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti.
- Žalovanému se nepřiznává náhrada nákladů řízení o kasační stížnosti.
Odůvodnění:
I. Vymezení případu
[1] U žalobkyně byla provedena daňová kontrola na daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 1. 2020 do 31. 12. 2020 a od 1. 1. 2021 do 31. 12. 2021 se zaměřením na oprávněnost uplatnění odčitatelné položky od základu daně na podporu výzkumu a vývoje dle § 34 odst. 4 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů. Konkrétně se jednalo o projekt výzkumu a vývoje v roce 2020 nazvaný „Vývoj nových nebo výrazně zlepšených systémových a softwarových řešení pro řízení letového provozu“ a pro rok 2021 o projekt „Vývoj nových nebo výrazně zlepšených systémových a softwarových řešení pro řízení letového provozu v roce 2021“. Z výsledků daňové kontroly vyplynulo, že žalobkyní předložená oznámení o záměru odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje ani vyhotovené projekty výzkumu a vývoje (projektové dokumentace) nesplňovaly požadavky dle § 34ba a § 34c zákona o daních z příjmů (nedostatečně specifikované cíle projektů, neurčité vymezení činností, nejasný způsob kontroly a hodnocení výsledků). Finanční úřad pro hlavní město Prahu (dále jen „správce daně“) proto žalobkyni neuznal odpočet na podporu výzkumu a vývoje a dodatečnými platebními výměry ze dne 13. 3. 2024, č. j. 726640/24/2006‑51522‑108710 a č. j. 726860/24/2006‑51522‑108710, doměřil žalobkyni daň z příjmů právnických osob ve výši 1 305 110 Kč (za zdaňovací období 2020) a ve výši 6 744 240 Kč (zda zdaňovací období 2021) a současně jí uložil povinnost uhradit penále. Odvolání žalobkyně proti dodatečným platebním výměrům žalovaný rozhodnutím označeným v záhlaví tohoto rozsudku zamítl a dodatečné platební výměry potvrdil.
[2] Žalobkyně napadla rozhodnutí žalovaného žalobu, kterou Městský soud v Praze v záhlaví označeným rozsudkem zamítl. V části, kde žaloba v podstatné míře pouze opakovala odvolací námitky a nepolemizovala s úvahami žalovaného, městský soud odkázal na žalobou napadené rozhodnutí, s jehož závěry se ztotožnil a nepovažoval je za nepřezkoumatelné. K věci samé městský soud poukázal na to, že ačkoli i samotné názvy projektů byly formulovány příliš obecně a bez náležitého rozlišení mezi roky 2020 a 2021, samo o sobě se nejednalo o nosný důvod vedoucí k neuznání odpočtu na podporu výzkumu a vývoje. V této souvislosti městský soud také vysvětlil, proč nelze tyto nedostatky odstranit výzvou podle § 74 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád.
[3] Za stěžejní důvod, který vedl k neuznání odpočtu na podporu výzkumu a vývoje, městský soud považoval (ve shodě s žalovaným) formální nedostatky projektové dokumentace. Cíle projektů byly dle jeho názoru vymezeny neurčitě a příliš vágně, což ve výsledku vedlo k tomu, že pod ně bylo možno podřadit jakoukoli budoucí zakázku. Městský soud uvedl, že obecně sice není vyloučeno, aby se projekt skládal z dílčích podprojektů, ty však musí pojit jednotný cíl a záměr výzkumné činnosti. Městský soud také nepřisvědčil žalobní námitce, že provázanost jednotlivých dílčích činností (podprojektů) představuje otázku odbornou, kterou si daňové orgány nemohly samostatně posoudit.
[4] Městský soud se ztotožnil také s hodnocením žalovaného, že žalobkyně nesplnila ani požadavek na náležité vymezení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektů. Poukázal na skutečnost, že projektová dokumentace v tomto ohledu pouze odkazuje na interní pravidla, včetně obecného konstatování, že vývojové úkoly jsou vyhodnocovány v rámci pravidelných porad týmu, které probíhají cca jedenkrát týdně. Takové vymezení městský soud pokládal za neurčité a nedostatečné. Dle městského soudu z projektů nelze seznat mechanismus kontroly ani hodnocení postupů řešení a taktéž nebylo stanoveno, co lze považovat za úspěch či neúspěch projektu. Pokud se v této souvislosti daňové orgány vyjadřovaly k průběhu či výsledku kontrol a hodnocení, jednalo se dle městského soudu toliko o okolnosti dokreslující a podporující závěr, že na podkladě formálně vadné projektové dokumentace nevznikly řádné kontrolní výstupy.
[5] Městský soud se v napadeném rozsudku vypořádal také s důkazními návrhy žalobkyně (odborné vyjádření a znalecké posudky). Dospěl k závěru, že nejsou způsobilé zpochybnit závěr o nesplnění zákonných požadavků na formální náležitosti projektové dokumentace, v důsledku čehož již nebyly hodnoceny otázky materiální.
II. Kasační stížnost a další vyjádření účastníků
[6] Žalobkyně (dále jen „stěžovatelka“) podala proti rozsudku městského soudu kasační stížnost. Stěžovatelka nejprve zpochybnila přezkoumatelnost napadeného rozsudku, a to z několika důvodů. Nesouhlasila s odkazem městského soudu na žalobou napadené rozhodnutí, se kterým se soud ztotožnil. Dále nesouhlasila se závěry městského soudu ohledně neurčitosti názvů projektů, které pokládá za vnitřně rozporné. Z napadeného rozsudku není dle jejího názoru ani patrné, proč nebyl k odstranění uvedeného nedostatku využit postup podle § 74 daňového řádu. Další pochybení stěžovatelka spatřuje v nevypořádání argumentace stran namítané absence zákonného základu pro požadavek na míru určitosti názvů a cílů projektů. Městský soud dle stěžovatelky taktéž opomněl skutečnost, že žalovaný sice konstatoval nesplnění formálních náležitostí, fakticky ovšem hodnotil obsahovou stránku projektové dokumentace.
[7] K věci samé stěžovatelka namítá, že městský soud nesprávně posoudil požadavek kladený na formální náležitost oznámení spočívající ve vymezení názvu projektu ve smyslu § 34ba odst. 2 písm. a) zákona o daních z příjmů. V této souvislosti odkázala na metodický pokyn Ministerstva financí MF‑17, který podle ní připouští rámcové, nikoli detailní vymezení. Městský soud proto pochybil tím, že požadoval vyšší míru konkretizace, než která vyplývá ze zákona. Stěžovatelka zopakovala, že k odstranění vad podání měl být využit postup podle § 74 daňového řádu.
[8] Stěžovatelka se neztotožnila ani se závěrem městského soudu týkajícím se podprojektů, které musí pojit jednotný cíl a záměr. Stěžovatelka má za to, že v daném případě jednotlivé podprojekty naplňovaly společný výzkumný cíl, který spočíval ve „vývoji funkcionalit systému pro řízení letového provozu“. K posouzení technické provázanosti jednotlivých podprojektů a jednotícího cíle navíc bylo podle stěžovatelky zapotřebí odborných znalostí. S tím souvisí také stěžovatelkou namítané pochybení městského soudu, který nepřistoupil k provedení důkazů znaleckým posudkem či odborným vyjádřením.
[9] Dále stěžovatelka namítla, že stran formálních požadavků na kontrolu a hodnocení na ni městský soud klade podmínky jdoucí nad rámec zákona a nesprávně aplikuje závěry rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 22. 6. 2023, č. j. 10 Afs 16/2021‑74. Zdůraznila, že způsob kontroly a hodnocení řádně vymezila odkazem na Metodiku práce Project Managera s tím, že budou probíhat pravidelné týdenní porady. Judikatura přitom nevylučuje, aby projektová dokumentace tvořila funkční celek s jiným existujícím interním dokumentem.
[10] Městský soud podle stěžovatelky také nesprávně směšuje formální a materiální náležitosti projektů a nepřípustně hodnotí obsahovou stránku vymezených cílů projektů, prvek novosti i faktickou realizaci kontroly a hodnocení. Vyvrácení závěrů stran materiálních nedostatků však bylo stěžovatelce znemožněno, neboť soud odmítl provést jí navrhované důkazy znaleckými posudky či odborným vyjádřením. Městský soud (stejně jako žalovaný) postupoval dle stěžovatelky v řízení formalisticky a odmítl aplikovat závěry rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 18. 12. 2024, č. j. 2 Afs 352/2023‑52.
[11] Žalovaný ve vyjádření ke kasační stížnosti nepřisvědčil namítané nepřezkoumatelnosti napadeného rozsudku, s nímž se věcně ztotožnil a argumentoval na podporu jeho závěrů. Podle žalovaného městský soud správně posoudil otázku nesplnění formálních náležitostí názvů a cílů projektů, vymezení kontroly a hodnocení postupu, včetně otázky absence provázanosti jednotlivých podprojektů.
[12] Stěžovatelka reagovala na vyjádření žalovaného podáním repliky. V ní nejprve poukázala na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 6. 2026, č. j. 21 Afs 211/2025‑57, jehož východiska považuje pro nyní souzenou věc za stěžejní. Dále sdělila, že setrvává na všech svých dosavadních tvrzeních, argumentaci a návrzích obsažených v kasační stížnosti a jejím doplnění. Dle stěžovatelky vyjádření žalovaného nepřináší žádné nové skutečnosti ani argumenty, které by mohly zpochybnit důvodnost podané kasační stížnosti. Stěžovatelka nicméně považovala za důležité reagovat na vybrané části vyjádření, u kterých to považovala za nutné, a svou argumentaci strukturovala dle jednotlivých sporných bodů týkajících se nepřezkoumatelnosti napadeného rozsudku, vymezení cílů projektů, provázanosti dílčích činností, způsobu kontroly a hodnocení, obecnosti názvů projektů a povinnosti vydat výzvu a smísení formálních a materiálních náležitostí.
III. Posouzení Nejvyšším správním soudem
[13] Nejvyšší správní soud kasační stížnost posoudil a dospěl k závěru, že není důvodná.
[14] Před přistoupením k vlastnímu přezkumu napadeného rozsudku se Nejvyšší správní soud nejprve zabýval namítanou nepřezkoumatelností, kterou u napadeného rozsudku neshledal. Podle konstantní judikatury Nejvyššího správního soudu požadavek na náležité odůvodnění rozhodnutí soudu nelze interpretovat jako požadavek na detailní odpověď na každý jednotlivý argument (rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 30. 4. 2009, č. j. 9 Afs 70/2008‑130, ze dne 12. 3. 2024, č. j. 4 Afs 119/2022‑47, nebo usnesení Ústavního soudu ze dne 20. 5. 2026, sp. zn. I. ÚS 1901/25, bod 42). Stěžovatelka ostatně v kasační stížnosti zpochybňuje závěry vyslovené městským soudem, což by u nepřezkoumatelného rozsudku nebylo možné. Takový rozsudek totiž zpravidla nenabízí prostor k úvahám o námitkách věcného charakteru (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 6. 2026, č. j. 6 As 89/2026‑25, bod 14).
[15] V nyní posuzované věci je z napadeného rozsudku patrné, z jakých důvodů městský soud považoval názvy posuzovaných projektů za neurčitě formulované (body 42 až 45 napadeného rozsudku) a proč dle jeho názoru k odstranění této vady nebylo možné využít postupu dle § 74 daňového řádu (body 48 až 51 tamtéž). Stejně tak se městský soud vypořádal s námitkou absence zákonného podkladu, pokud jde o otázku požadované míry určitosti názvů a cílů projektů (body 46 a 67 tamtéž). Ani tím, že městský soud v úvodní části odůvodnění odkázal na závěry žalovaného, nezatížil napadený rozsudek nepřezkoumatelností. Soud může v odůvodnění rozsudku odkázat na vydaná rozhodnutí správních orgánů, resp. si osvojit jejich závěry a důvody, které k těmto závěrům vedly. Smyslem soudního přezkumu totiž není stále dokola podrobně opakovat již jednou správně vyřčené (např. rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 2. 7. 2007, č. j. 4 As 11/2006‑86, ze dne 27. 7. 2007, č. j. 8 Afs 75/2005‑130, č. 1350/2007 Sb. NSS, nebo ze dne 29. 5. 2013, č. j. 2 Afs 37/2012‑47). Judikatura Nejvyššího správního soudu obecně připouští, aby si soud správné závěry žalovaného se souhlasnou poznámkou osvojil, je‑li žalobou napadené rozhodnutí řádně odůvodněno. Uvedené platí především v situaci, opakuje‑li žalobce odvolací argumentaci, jako tomu bylo v úvodní části žaloby i v této věci (shodně viz např. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 18. 9. 2025, č. j. 8 Afs 127/2024‑46).
[16] Nejvyšší správní soud proto mohl přistoupit k posouzení věci samé, v níž je mezi účastníky řízení spor o to, zda stěžovatelkou předložená oznámení o záměru odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje a vlastní projekty výzkumu a vývoje naplňovaly zákonem stanovené formální náležitosti.
[17] Podle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů lze od základu daně odečíst odpočet na podporu výzkumu a vývoje nebo odpočet na podporu odborného vzdělávání.
[18] Odpočet na podporu výzkumu a vývoje představuje výjimku z pravidla, že tentýž výdaj (náklad) lze v základu daně u téhož poplatníka uplatnit pouze jednou. Již tato skutečnost předpokládá zvýšené nároky na daňový subjekt k prokázání oprávněnosti uplatněné odčitatelné položky. Důkazní břemeno v tomto ohledu tíží daňový subjekt, který odpočet na podporu výzkumu a vývoje nárokuje (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 5. 2020, č. j. 8 Afs 72/2018‑52), a který tak musí být připraven na to, že po něm může být v budoucnu požadováno prokázání splnění s tím souvisejících povinností (rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 24. 11. 2017, č. j. 10 Afs 77/2017‑53, ze dne 10. 6. 2021, č. j. 10 Afs 338/2020‑45, nebo již odkazovaný rozsudek č. j. 8 Afs 72/2018‑52, a rovněž např. usnesení Ústavního soudu ze dne 20. 1. 2015, sp. zn. II. ÚS 3565/14).
[19] Dle § 34ba odst. 1 zákona o daních z příjmů poplatník, který hodlá v souvislosti s realizací projektu výzkumu a vývoje odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje, oznámí tuto skutečnost správci daně zvlášť za jednotlivý projekt výzkumu a vývoje.
[20] Dle § 34ba odst. 2 písm. a) zákona o daních z příjmů v oznámení podle odstavce 1 je poplatník povinen uvést název projektu výzkumu a vývoje vystihující jeho obecné zaměření.
[21] Metodický pokyn Ministerstva financí MF‑17 požadavek na název projektu vystihující jeho obecné zaměření vykládá tak, že z názvu (…) musí být rámcově zřejmé, např. jakou činností (oborem, výrobkem) se poplatník hodlá zabývat nebo k jakému výsledku výzkumu a vývoje bude v rámci dosahování cíle směřovat, aby nedošlo k zaměnitelnosti projektových dokumentací, přičemž nepostačuje (…) uvést označení např. prostřednictvím jednotlivých písmen nebo číselného kódu. Zároveň nelze požadovat uvedení zcela konkrétních údajů, a to např. vzhledem k možné průmyslové špionáži, tedy se zohledněním oprávněného zájmu daňových subjektů střežit v rámci výzkumné a vývojové činnosti svá obchodní tajemství (shodně RYDVAL, T. Náklady na výzkum a vývoj jako položka odčitatelná od základu daně. Praha: C. H. Beck, 2021, str. 39).
[22] V nyní projednávané věci městský soud správně dovodil, že názvy posuzovaných projektů (viz jejich citace pod bodem [1] tohoto rozsudku) byly formulovány neurčitě a natolik obecně, že z nich nelze dovodit, co vůbec bylo (resp. mělo být) předmětem výzkumu a vývoje. Správně také dovodil, že samotná obecnost názvů by pro závěr o neuznání nároku na odpočet nepostačovala. V daném případě však stěžovatelce byla vytýkána neurčitost a obecnost názvů projektů ve spojitosti s předloženou projektovou dokumentací a jejím obsahem. Klíčové pro závěr o neuznání odpočtu na podporu výzkumu a vývoje tak byly především nedostatky vlastního obsahu projektů (projektových dokumentací – k tomu viz níže).
[23] Stěžovatelka v této souvislosti namítala, že v případě shledaných nedostatků měl být využit postup podle § 74 odst. 1 daňového řádu, dle kterého správce daně vyzve podatele, aby ve stanovené lhůtě odstranil vady podání, a) pro které není způsobilé k projednání, b) pro které nemůže mít předpokládané účinky pro správu daní, c) které spočívají ve skutečnosti, že podání nebylo učiněno stanoveným způsobem, a které nejsou současně vadami podle písmene a) nebo b), nebo d) které spočívají ve skutečnosti, že podání nebylo učiněno ve stanoveném formátu nebo struktuře, a které nejsou současně vadami podle písmene a) nebo b).
[24] Nejvyšší správní soud se však ztotožňuje se závěrem městského soudu, že citované ustanovení daňového řádu slouží k odstraňování ryze formálních vad podání, tedy takových, kdy je podání neúplné, nesrozumitelné, nečitelné aj., přičemž pro takový nedostatek nelze řízení či postup provést či v něm pokračovat. V daném případě však vytýkané nedostatky oznámení a projektů nebylo možné odstraňovat výzvou podle § 74 daňového řádu. Vytýkané nedostatky plynuly z hmotného práva, což znamená, že podání je formálně v pořádku, avšak z hlediska hmotněprávních požadavků zákona neobsahuje náležitosti potřebné pro uznání daňového benefitu. V takovém případě správce daně není oprávněn poskytovat hmotněprávní návod, jak postupovat, aby byl podatel v řízení úspěšný. Takovéto poučení ze strany správce daně by znamenalo porušení zásady rovnosti (§ 6 odst. 1), které nelze ospravedlnit ani odvoláním na zásadu vstřícnosti (§ 6 odst. 4) a spolupráce (§ 6 odst. 2) (viz k tomu např. ONDRÝSEK, R. § 74. In: LICHNOVSKÝ, O. a kol. Daňový řád. Praha: C. H. Beck, 2024).
[25] Podle § 34c odst. 1 písm. c) a f) zákona o daních z příjmů k projektu výzkumu a vývoje, ke kterému se váže oznámení o záměru odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje, poplatník zpracuje projektovou dokumentaci, ve které uvede oznámený název projektu výzkumu a vývoje a vymezí činnost ve výzkumu a vývoji podle zákona upravujícího podporu výzkumu a vývoje. Projektová dokumentace obsahuje
c) cíle projektu, které jsou dosažitelné v době řešení projektu a vyhodnotitelné po jeho ukončení,
f) způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků prováděných ode dne podání oznámení o záměru odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje.
[26] Z citovaného ustanovení zákona o daních z příjmů vyplývá, že základním a nezbytným požadavkem pro uplatnění odpočtu na podporu výzkumu a vývoje je vypracování formalizovaného projektu, který obsahuje všechny zákonem předepsané náležitosti, a to ještě před zahájením řešení; tedy existence projektu jako dokumentu prospektivního (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 4. 8. 2023, č. j. 10 Afs 12/2021‑75, bod 62). Písemný projekt výzkumu a vývoje není dokumentem samoúčelným, neboť slouží jako základní a ucelený dokument, jímž daňový subjekt prokazuje nárok na uplatnění odpočtu od základu daně. Současně se jedná o jeden z nástrojů, který má zamezit zneužívání institutu odpočtu výdajů (nákladů) vynaložených na výzkum a vývoj (již zmiňovaný rozsudek č. j. 10 Afs 77/2017‑53, a dále např. rozsudky ze dne 14. 11. 2019, č. j. 1 Afs 363/2018‑113, nebo ze dne 3. 3. 2022, č. j. 1 Afs 292/2020‑49).
[27] Nesplnění byť jen jediné z formálních náležitostí projektu má přitom za následek nemožnost uplatnění odčitatelné položky. V takovém případě není třeba se dále zabývat splněním ostatních zákonných podmínek (rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 26. 8. 2014, č. j. 6 Afs 60/2014‑56, ze dne 27. 4. 2017, č. j. 7 Afs 261/2016‑20, ze dne 21. 7. 2022, č. j. 8 Afs 170/2020‑49, č. 4379/2022 Sb. NSS, nebo ze dne 27. 3. 2025, č. j. 6 Afs 116/2024‑53, bod 42).
[28] V nyní projednávané věci městský soud, pokud jde o vlastní podmínky projektů výzkumu a vývoje, posuzoval naplnění dvou podmínek, a sice definování cílů, a to i v souvislosti s podřazením jednotlivých podprojektů pod výsledný projekt; a dále vymezení způsobu kontroly a hodnocení.
[29] Pokud se jedná o cíle projektu, judikatura Nejvyššího správního soudu vychází z toho, že „žádný právní předpis výslovně nestanoví, jak podrobně má být cíl v projektu popsán. Zákon o daních z příjmů v tomto ohledu vyžaduje, aby daňový subjekt v projektu objasnil jeho cíle, které jsou dosažitelné v době řešení projektu a vyhodnotitelné po jeho ukončení. Cílem výzkumné a vývojové činnosti musí být dosažení jedinečného řešení, které lze odlišit od běžné činnosti inovačního charakteru. Základním kritériem pro odlišení výzkumu a vývoje od ostatních (příbuzných) činností je přítomnost ocenitelného prvku novosti a vyjasnění výzkumné nebo technické nejistoty. (…) Zákon současně stanoví požadavek, aby byl cíl po ukončení projektu vyhodnotitelný. (…) Každý by měl z projektu pochopit, o co se usiluje, jakým způsobem, (jakou cestou) se toho chce dosáhnout, a jak se bude testovat, zda takto vymezené cíle byly nebo nebyly dosaženy“ (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 9. 9. 2021, č. j. 7 Afs 411/2019‑54).
[30] Aby cíl projektu uvedené požadavky naplňoval, musí jej daňový subjekt dostatečně konkrétně vymezit, zejména musí popsat výchozí stav a projektový záměr tak, aby bylo možno posléze posoudit, zda se skutečně jednalo o výzkumnou činnost (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 8. 2024, č. j. 6 Afs 76/2024‑42, bod 24). Vymezení cíle projektu pouze neurčitým a nekonkrétním způsobem, který pod něj umožňuje zařadit neomezené množství budoucích zakázek, nelze považovat za náležitě vymezený a reálně vyhodnotitelný projektový záměr (již odkazovaný rozsudek č. j. 2 Afs 352/2023‑52, bod 38, nebo rozsudky ze dne 12. 12. 2024, č. j. 1 Afs 21/2024‑34, body 42 a 43, a ze dne 29. 6. 2026, č. j. 21 Afs 211/2025‑57, bod 31).
[31] V projednávané věci stěžovatelka vymezila cíle obou projektů následovně. Projekt za rok 2020 uvádí, že „cílem projektu (…) je realizovat činnosti výzkumu a vývoje vedoucí k: novým poznatkům a dovednostem z oboru IT, (…) novým integračním, komunikačním a bezpečnostním řešením, (…) novým postupům a metodám pro testování a ověřování softwarových řešení“. Projekt za rok 2021 si klade za cíl dospět k „novým poznatkům a dovednostem z oboru IT v oblasti letectví, (…) novým nebo podstatně zdokonaleným softwarovým řešením s nižšími nároky na údržbu a podporu“. Městský soud tak (ve shodě s žalovaným) dospěl ke správnému závěru, že takto vymezené cíle výzkumu či vývoje nebyly (a to ani se zohledněním jednotlivých vývojových činností, které byly popsány toliko z pohledu jejich uživatelských funkcí, nikoli z pohledu technických aspektů a parametrů) vymezeny dostatečně konkrétně tak, aby bylo možné určit, o co konkrétně stěžovatelka výzkumnou či vývojovou činností usilovala a jakými prostředky hodlala stanovených cílů dosáhnout. Z výše uvedeného je naopak patrné, že cíle projektů pouze obecně popisují oblasti řízení letového provozu, jejichž zlepšení se stěžovatelka chtěla věnovat. Není však zřejmé, jakých konkrétních parametrů softwaru se měl výzkum a vývoj týkat (ke zlepšení jakých konkrétních parametrů měl výzkum a vývoj směřovat), jaký byl výchozí stav a výsledný stav, kterého se stěžovatelka chtěla pokusit dosáhnout, v čem stěžovatelka spatřuje prvek novosti a jak konkrétně (jakými postupy) hodlala zlepšení dosáhnout. Městský soud v napadeném rozsudku správně dovodil, že v daném případě bylo prakticky nemožné určit, zda jsou stěžovatelkou formulované cíle dosažitelné (neboť vůbec nebylo možné určit, čeho přesně chtěla stěžovatelka dosáhnout), jakož i vyhodnotitelné (nebylo‑li možno určit, čeho přesně chtěla stěžovatelka dosáhnout, lze pak jen stěží hodnotit, zda se to stěžovatelce podařilo, či nikoli). Vágní vymezení cílů pak ve výsledku vedlo k tomu, že stěžovatelka mohla pod projekty následně podřazovat jakoukoli svou činnost, což také fakticky činila.
[32] Nelze tedy souhlasit se stěžovatelčinou výtkou, že městský soud formuloval nad rámec zákona požadavek, aby jednotlivé podprojekty (v projektech stěžovatelky nazývány jako vývojové činnosti) tvořily integrální součást výsledného projektu. Správnost uvedeného závěru naopak úzce souvisí s požadavkem zákona na konkrétní vymezení cílů spolu s kritériem prospektivnosti projektu a vyplývá také z výše citované judikatury (viz body [25] až [29] tohoto rozsudku). Jinak řečeno, smyslem vymezení cílů je právě dosáhnout toho, aby pod ně byly podřazovány pouze takové činnosti, které naplňují jasně, určitě a předem definovaný záměr projektu.
[33] Nejvyšší správní soud se taktéž shoduje se závěrem městského soudu, že posouzení této otázky v daném případě nevyžadovalo zadání a vypracování znaleckého posudku. V nyní projednávané věci se totiž jednalo o to, že stěžovatelka formulovala cíle projektů natolik obecně a neurčitě, že pod ně ex post mohla podřazovat celou řadu zakázek, jejichž přehled obsahuje tabulka na str. 4 zprávy o daňové kontrole, na kterou soud na tomto místě pro stručnost odkazuje, a to dokonce až na základě požadavků konkrétních zákazníků za účelem řešení jejich partikulárních zájmů (viz str. 12 a 13 zprávy o daňové kontroly). To je ovšem v přímém rozporu s požadavkem na prospektivnost projektové dokumentace.
[34] Jelikož stěžovatelka nesplnila tuto nezbytnou formální podmínku v podobě dostatečně konkrétně definovaného cíle projektu, již sama tato skutečnost postačovala k odepření nároku na odpočet na podporu výzkumu a vývoje. K ní však v posuzované věci přistoupilo také nesplnění podmínky další, a sice vymezení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků [§ 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů].
[35] K této podmínce z judikatury Nejvyššího správního soudu vyplývá, že v příslušné pasáži projektu musí být kontrola a hodnocení rozepsány takovým způsobem, aby správce daně mohl ověřit, zda kontrola podle daného plánu skutečně proběhla a jak bylo naloženo s jejími výsledky. Musí tedy být konkrétně uvedeno, kdy, kým a jakým způsobem budou výstupy projektu hodnoceny. Dále musejí být zřejmé podmínky, za jejichž splnění by projekt byl považován za úspěšný. Tyto nedostatky nelze zhojit pouhým odkazem na stanovené cíle jednotlivých projektů (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 3. 2024, č. j. 9 Afs 215/2023‑39, bod 29).
[36] Uvedený požadavek není naplněn, pokud se projekt o způsobu kontroly a hodnocení vůbec nezmiňuje, anebo tak činí zcela nedostatečně, tedy nestanoví, jakým způsobem a na základě jakých kritérií bude po věcné stránce hodnoceno, zda a do jaké míry byl projekt úspěšný (rozsudek č. j. 8 Afs 170/2020‑49). Judikatura považuje za nedostatečné vymezení způsobu kontroly a hodnocení např. to, není‑li zřejmé, jakými vnitřními procedurami bude kontrola prováděna, jaký vývojový tým bude hodnotit postupy při řešení projektu, zda bude kontrola prováděna pouze na konci výzkumné činnosti, anebo i v jiných fázích řešení projektu (již uvedený rozsudek Nejvyššího správního soudu č. j. 10 Afs 16/2021‑74).
[37] V posuzované věci byl způsob kontroly a hodnocení vymezen shodně u obou projektů, a sice tím způsobem, že řešení projektu a dosažení výsledků jednotlivých vývojových činností bude kontrolováno dle interních pravidel stěžovatelky, zejména dle Metodiky práce Project Managera. Dále bylo v projektech uvedeno, že vývojové úkoly jsou stanovovány a vyhodnocovány v rámci pravidelných porad týmu, které probíhají cca jednou týdně.
[38] I v případě této podmínky Nejvyšší správní soud souhlasí s hodnocením městského soudu, že projekty shora uvedeným požadavkům nedostály. Způsob kontroly byl opět formulován pouze obecně a neurčitě bez uvedení konkrétních parametrů či kritérií, které by měly být u jednotlivých etap hodnoceny. Nejvyšší správní soud nemá na rozdíl od stěžovatelky za to, že by způsob realizace kontrolní a hodnoticí činnosti byl z projektů jasně patrný. V daném případě neobstojí ani odkaz v projektových dokumentacích na Metodiku práce Project Managera. I ta totiž obsahuje pouze obecná pravidla a mechanismy, které se navíc týkají vyřizování zakázek v rámci stěžovatelčiny obchodní činnosti, nikoli výzkumné a vývojové činnosti a řešených projektů.
[39] Ani ve spojení s odkazovanou interní metodikou proto v tomto konkrétním případě projektová dokumentace nenaplnila požadavky, které na ni klade zákon o daních z příjmů, tedy aby projekt (jako prospektivní dokument) a priori konkretizoval, jakým způsobem proběhnou kontrola a hodnocení zjištěných výsledků. Městský soud (ve shodě s žalovaným) v napadeném rozsudku nevznášel nepřiměřené požadavky, aby stěžovatelka v projektové dokumentaci dopodrobna naplánovala veškerou kontrolní činnost, nýbrž požadoval, aby uvedla, kdy, jak a kým bude konkrétně kontrolováno a za splnění jakých podmínek budou projekty (a jejich jednotlivé etapy) považovány za úspěšné. Tyto požadavky nejdou nad rámec zákona, jak namítá stěžovatelka, obstát naopak nemůže v projektech obsažené obecné a nekonkrétní vymezení kontrolní a hodnoticí činnosti.
[40] Není‑li vymezení způsobu kontroly a hodnocení obsaženo v projektové dokumentaci (jako prospektivním dokumentu), z povahy věci nelze chybějící formální náležitosti projektu dodatečně zhojit až odkazem na pozdější (později vzniklou) dokumentaci k realizaci projektu, tedy např. listinami dokládajícími faktickou kontrolní činnost (shodně např. již uvedené rozsudky Nejvyššího správního soudu č. j. 10 Afs 16/2021‑74, bod 33, nebo č. j. 7 Afs 411/2019‑54, bod 43).
[41] Stěžovatelka se mýlí také v tom, že městský soud posuzoval materiální stránku vymezených cílů projektů a naplnění prvku novosti; v této souvislosti pak nedošlo ani ke zkrácení stěžovatelčiných procesních práv tím, že nebylo vyhověno jejím důkazním návrhům ohledně materiálních požadavků projektu. Vzhledem k tomu, že v daném případě projektová dokumentace a priori nesplňovala již formální (vstupní) podmínky, v důsledku čehož nebyly posuzovány a hodnoceny otázky materiální, důkazy navržené k materiálním požadavkům projektů nebyly způsobilé zpochybnit správnost závěrů o neoprávněnosti uplatněného odpočtu na podporu výzkumu a vývoje. Městský soud řádně a v souladu s judikaturou odůvodnil, proč nepřistoupil k provedení důkazů znaleckými posudky a odborným vyjádřením (shodně viz např. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 1. 4. 2008, č. j. 9 Azs 15/2008‑108, ze dne 28. 5. 2009, č. j. 6 Azs 26/2009‑100, ze dne 2. 9. 2009, č. j. 2 Azs 26/2009‑123, ze dne 15. 12. 2011, č. j. 1 As 84/2010‑72, či ze dne 24. 1. 2023, č. j. 6 As 358/2021‑38). Materiální stránku, tedy technickou kvalitu a vědecký přínos činností, pak nehodnotily ani daňové orgány. Pokud žalovaný na některých místech žalobou napadeného rozhodnutí hovoří o prokazování prvku novosti, městský soud správně upozornil, že tak nečinil z toho důvodu, aby tento prvek hodnotil z materiálního hlediska, nýbrž z toho důvodu, aby vysvětlil, jakým způsobem měly být správně definovány cíle projektu.
[42] Jak k tomu Nejvyšší správní soud vysvětlil např. již v rozsudku ze dne 22. 11. 2024, č. j. 5 Afs 56/2024‑70, ve věci TollNet (bod 50): „Je třeba zdůraznit, že i takové hodnocení se týká čistě formálních požadavků kladených na projekt výzkumu a vývoje. Zkoumání formálních náležitostí projektu nemůže být zredukováno pouze na ověření toho, zda projekt určitou informaci obsahuje. Správce daně, potažmo žalovaný musí i v rámci hodnocení formálních náležitostí projektu posoudit, zda vůbec projekt podle svého obsahu může být podkladem pro výzkum a vývoj. K hodnocení samotné výzkumné činnosti nemusí vůbec přistoupit, je‑li již jen ze samotného popisu projektu jasné, že se o způsobilý projekt výzkumu a vývoje nemůže jednat (obdobně srov. rozsudek ze dne 29. 11. 2023, č. j. 5 Afs 283/2022‑42). V tomto ohledu tedy nelze přisvědčit tvrzení stěžovatelky, že žalovaný i městský soud volně zaměňovali zkoumání formálních a materiálních náležitostí projektu výzkumu a vývoje. Nezabývali se totiž otázkou, zda stěžovatelkou skutečně vyvíjená činnost je výzkumem a vývojem, pouze konstatovali, že podle obsahu projektu jejich činnost vůbec nelze posoudit, pročež formální náležitosti projektu nejsou naplněny. S tím Nejvyšší správní soud ostatně souhlasí.“
[43] Dovolává‑li se pak stěžovatelka závěrů rozsudku č. j. 2 Afs 352/2023‑52, Nejvyšší správní soud podotýká, že s ohledem na odlišné skutkové okolnosti nejsou v něm vyslovené závěry přenositelné na nyní posuzovaný případ. V odkazovaném rozsudku totiž Nejvyšší správní soud vycházel ze skutkového stavu, dle kterého tehdejší žalobce v projektu ve funkčních a procesních rysech (na rozdíl od nynější věci) konkrétně a určitě popsal, jak by mělo nově vyvíjené svařovací robotické pracoviště po vývoji fungovat a jakých konkrétních výsledků by mělo dosahovat. Stěžovatelka se proto mylně domnívá, že uvedený rozsudek rezignoval na splnění formálních náležitostí ve prospěch podmínek materiálních.
[44] Tytéž závěry se týkají i stěžovatelkou nově odkazovaného rozsudku Nejvyššího správního soudu č. j. 21 Afs 211/2025‑57. I v odkazované věci (viz body 33 až 36, na které Nejvyšší správní soud pro srovnání odkazuje) totiž byly cíle (na rozdíl od nyní projednávaného případu) vymezeny konkrétněji a podrobněji než v tomto případě. V nynější věci projektová dokumentace a v ní stěžovatelkou vymezené cíle dle Nejvyššího správního soudu (z důvodů uvedených výše) nedosahují kvalit, které byly předmětem posuzování ve věci sp. zn. 21 Afs 211/2025‑57, a které by tak opravňovaly stěžovatelku k uplatnění odčitatelné položky, a sice že bude z projektu patrný konkrétní cíl, prvek novosti a konkrétní postupy, které ke splnění cíle vedou. I v odkazovaném případě tak byly z pohledu Nejvyššího správního soudu řešeny odlišné skutkové okolnosti, a proto závěry v něm vyslovené nejsou bez dalšího přenositelné na nyní posuzovaný případ.
[45] Jak bylo opakovaně uvedeno výše, v nyní souzené věci stěžovatelka koncipovala cíle projektů natolik obecně a neurčitě, že pod ně ve výsledku bylo možné podřadit neomezené množství nejrůznějších zakázek. Proti takovému postupu se však i odkazovaný rozsudek č. j. 2 Afs 352/2023‑52 vymezuje, a sice v bodě 38 odůvodnění, kde Nejvyšší správní soud vyslovil následující závěry: „Cíl projektu musí daňový subjekt formulovat dostatečně určitě, aby bylo zřejmé, v čem spatřuje prvek novosti, resp. prvek odstranění technické nejistoty, v čem se řešení liší od současného stavu a jaký bude jeho přínos (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 24. 11. 2017, č. j. 10 Afs 77/2017‑53, bod 25). Daňový subjekt musí zejména dostatečně konkrétně popsat výchozí stav a zamýšlený cíl, aby bylo možno posléze posoudit, zda se skutečně jednalo o výzkumnou činnost (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 8. 2024, č. j. 6 Afs 76/2024‑42, bod 24). Vymezení cíle projektu nekonkrétním textem tak, aby v budoucnosti bylo možné pod takový cíl zařadit neomezené množství budoucích zakázek, nelze považovat za průkazné a reálně vyhodnotitelné. Daňový subjekt nemůže vytvořit univerzální obecný projekt pro všechny budoucí zakázky, které spolu jinak nesouvisí a jejichž výzkumné cíle se liší. Je třeba mít na paměti, že cílem výzkumné a vývojové činnosti musí být dosažení jedinečného řešení, které lze odlišit od běžné činnosti inovačního charakteru (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 9. 11. 2021, č. j. 7 Afs 411/2019‑54, bod 38).“ Těmto požadavkům stěžovatelka z důvodů popsaných výše zjevně nedostála.
IV. Závěr a náklady řízení
[46] Nejvyšší správní soud dospěl k závěru, že kasační stížnost není důvodná, a proto ji podle § 110 odst. 1 poslední věty s. ř. s. zamítl.
[47] O nákladech řízení o kasační stížnosti Nejvyšší správní soud rozhodl podle § 60 odst. 1 s. ř. s. ve spojení s § 120 s. ř. s. Žalobkyně (stěžovatelka) neměla ve věci úspěch, nemá proto právo na náhradu nákladů řízení. Úspěšnému žalovanému žádné náklady nad rámec obvyklé úřední činnosti nevznikly, náhrada nákladů řízení se mu tudíž nepřiznává.
Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné.
V Brně dne 9. září 2026
Mgr. Ing. Veronika Juřičková
předsedkyně senátu
