Celé znění judikátu:
Krajský soud v Ústí nad Labem - pobočka v Liberci rozhodl v senátu složeném z předsedkyně Mgr. Karolíny Tylové, LL.M. a soudců Mgr. Lucie Trejbalové a Mgr. Bc. Petry Netoličkové ve věci
žalobkyně: X, IČO X
sídlem X
zastoupena Ing. Otou Koškem, daňovým poradcem
sídlem Lesná 687, Nový Bor
proti
žalovanému: Odvolací finanční ředitelství
sídlem Masarykova 427/31, Brno
o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 18. 9. 2025, č. j. 24958/25/5200-11432-713604,
takto:
- Žaloba se zamítá.
- Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.
Odůvodnění:
- Předmět řízení
1. Žalobou podanou v zákonné lhůtě se žalobkyně domáhá přezkumu shora označeného rozhodnutí žalovaného, kterým bylo zamítnuto její odvolání a potvrzen dodatečný platební výměr Finančního úřadu pro Liberecký kraj (dále též „správce daně“) na daň z příjmů právnických osob a na zrušení daňové ztráty z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 1. 2017 do 31. 12. 2017, ze dne 30. 1. 2025, č. j. 94713/25/2602-50523-508428. Tímto prvostupňovým rozhodnutím byla žalobkyni doměřena daň ve výši 140 980 Kč, dodatečně zrušena daňová ztráta v částce 2 637 724 Kč a současně žalobkyni vznikla zákonná povinnost uhradit penále ve výši 54 574 Kč.
2. V odůvodnění napadeného rozhodnutí žalovaný shrnul, že ke zrušení daňové ztráty a doměření daně došlo na základě výsledků daňové kontroly zahájené dne 8. 5. 2024 doručením oznámení o zahájení daňové kontroly a ukončené dne 27. 1. 2025 doručením oznámení o ukončení daňové kontroly, jehož přílohou byla zpráva o daňové kontrole. Předmětem doměření byly správcem daně neuznané výdaje týkající se odpisů dlouhodobého hmotného majetku, sociálních nákladů a výdajů na spotřebu materiálu. Žalovaný dále uvedl, že žalobkyně v odvolání brojila výlučně proti zákonnosti zahájení daňové kontroly, neboť měla za to, že ke kontrole došlo po marném uplynutí lhůty pro stanovení daně. K jednotlivým kontrolním zjištěním žádné konkrétní odvolací námitky neuplatnila. Žalovaný odkázal na § 136 a § 148 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, a na § 34 odst. 1 a § 38r odst. 2 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění účinném do 31. 6. 2020. Vyšel z toho, že v případě zdaňovacího období roku 2017 počala lhůta pro stanovení daně běžet dne 2. 7. 2018, tedy dnem uplynutí lhůty pro podání řádného daňového tvrzení. Současně však dovodil, že vzhledem k tomu, že žalobkyně za rok 2017 vykázala daňovou ztrátu, bylo třeba aplikovat zvláštní úpravu obsaženou v § 38r odst. 2 zákona o daních z příjmů. Podle žalovaného bylo možno daňovou ztrátu uplatnit v pěti bezprostředně následujících zdaňovacích obdobích, tj. v letech 2018 až 2022, a proto lhůta pro stanovení daně za rok 2017 končila současně se lhůtou pro stanovení daně za poslední z těchto období, tedy za rok 2022. Lhůta pro stanovení daně za zdaňovací období roku 2017 tak v daném případě končila dne 3. 7. 2026. Dne 8. 5. 2024 byla zahájena daňová kontrola. Tento úkon prodloužil subjektivní lhůtu pro stanovení daně za zdaňovací období roku 2017 až do 10. 5. 2032. Objektivní lhůta pro stanovení daně však uplyne již 2. 7. 2028. Daňová kontrola byla zahájena před jejím uplynutím, dne 8. 5. 2024. Byla tedy podle žalovaného zahájena včas a v souladu se zákonem.
- Žaloba
3. Žalobkyně v žalobě především brojila proti závěru žalovaného o včasnosti zahájení daňové kontroly. Uváděla, že kontrola daňové ztráty za rok 2017 měla být zahájena nejpozději do konce roku 2022. Po tomto datu mohl správce daně vycházet jen z účetní závěrky a výroční zprávy, nikoli však zahájit daňovou kontrolu v rozsahu, v jakém se tak stalo dne 8. 5. 2024. Podle žalobkyně je totiž třeba zohlednit § 31 zákona č. 563/1991 Sb., o účetnictví, upravující úschovu účetních záznamů, konkrétně odst. 2 písm. b) a c), podle něhož se účetní doklady a další účetní záznamy uchovávají po dobu pěti let počínajících koncem účetního období, jehož se týkají. Dle žalobkyně tedy došlo k zahájení daňové kontroly po marném uplynutí zákonné lhůty pro stanovení daně.
4. Žalobkyně dále tvrdila, že § 38r zákona o daních z příjmů jakožto zvláštní ustanovení k daňovému řádu je třeba vykládat v souvislosti se zákonem o účetnictví. Ustanovení § 38r zákona o daních z příjmů sice obecně upravuje lhůty pro stanovení daně, avšak tato lhůta je omezena právě dobou uchování účetních záznamů podle § 31 odst. 2 písm. b) a c) zákona o účetnictví, takže bylo možné účinně zahájit kontrolu jen do konce období vyplývajícího z § 34 odst. 1 zákona o daních z příjmů se zřetelem k archivaci účetních dokladů.
5. Žalobkyně v této souvislosti odkázala na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 2. 7. 2020, č. j. 9 Afs 81/2020-40, z něhož dovozovala, že konec všech dotčených lhůt se váže k poslednímu roku, v němž lze daňovou ztrátu uplatnit.
6. Z uvedených důvodů žalobkyně navrhla, aby soud napadené rozhodnutí zrušil a přiznal jí náhradu nákladů řízení.
- Vyjádření žalovaného
7. Žalovaný ve vyjádření k žalobě uvedl, že z bodů 19 až 26 napadeného rozhodnutí plyne, že lhůta pro stanovení daně v projednávané věci uplyne dne 2. 7. 2028. Pokud byla daňová kontrola zahájena dne 8. 5. 2024, stalo se tak včas, tedy před uplynutím této lhůty.
8. Dále konstatoval, že § 31 odst. 2 písm. b) a c) zákona o účetnictví stanoví pouze dobu, po kterou mají účetní jednotky povinnost uschovávat účetní záznamy pro účely vedení účetnictví. Tato doba podle žalovaného nijak neovlivňuje běh lhůty pro stanovení daně podle daňových předpisů. Žalovaný přitom poukázal na § 32 odst. 1 zákona o účetnictví, podle něhož použije-li účetní jednotka účetní záznamy i pro jiný účel než pro účely vedení účetnictví, mimo jiné i pro účely daňového řízení, je povinna po uplynutí doby uvedené v § 31 odst. 2 dále postupovat tak, aby byly zajištěny požadavky vyplývající z jejich použití pro tyto účely.
9. Žalobkyně si musela být vzhledem k vykázané daňové ztrátě za rok 2017 vědoma, že konec lhůty pro stanovení daně se řídí § 38r odst. 2 zákona o daních z příjmů, a že tato lhůta uplyne později než stanovená doba povinnosti uchovávat účetní záznamy podle zákona o účetnictví. Podle žalovaného je to žalobkyně, kdo nese důkazní břemeno a kdo je odpovědný za to, aby disponoval důkazními prostředky způsobilými prokázat správnost svých daňových tvrzení po dobu trvání lhůty pro stanovení daně.
10. Na podporu své argumentace žalovaný odkázal na rozsudek Krajského soudu v Hradci Králové ze dne 17. 2. 2021, č. j. 31 Af 61/2018-105, z něhož dovodil, že v případě použití účetních záznamů pro účely daňového řízení trvá povinnost jejich uchování nejméně do uplynutí lhůty pro stanovení daně. Z uvedených důvodů navrhl, aby soud podanou žalobu zamítl.
- Replika žalobkyně
11. Žalobkyně v replice k vyjádření žalovaného trvala na tom, že daňová kontrola týkající se daňové ztráty za rok 2017 měla být zahájena ve lhůtě vyplývající z § 34 zákona o daních z příjmů, ve spojení se zákonem o účetnictví, zejména s jeho § 31 upravujícím dobu uchovávání účetních záznamů.
12. Žalobkyně se rovněž vyjádřila k žalovaným citované judikatuře. Uvedla, že rozsudek Krajského soudu v Hradci Králové č. j. 31 Af 61/2018-105 byl podle jejího názoru překonán pozdějším rozsudkem Nejvyššího správního soudu ze dne 2. 7. 2020, č. j. 9 Afs 81/2020-40.
13. Závěrem žalobkyně označila výklad žalovaného za absurdní, neboť by vedl k tomu, že v případě zdaňovacího období roku 2017 bez daňové ztráty by bylo možno kontrolu zahájit jen do 1. 7. 2021, zatímco v případě daňové ztráty až do 2. 7. 2028. I z toho žalobkyně dovozovala nezákonnost postupu daňových orgánů.
- Posouzení věci krajským soudem
14. Soud přezkoumal napadené rozhodnutí a řízení jeho vydání předcházející v řízení podle části třetí, hlavy druhé, dílu prvního zákona č. 150/2002 Sb., soudního řádu správního, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „s. ř. s.“), v rozsahu a mezích uplatněných žalobních bodů, vycházel přitom ze skutkového a právního stavu, který tu byl v době rozhodování správního orgánu, v souladu s § 75 odst. 1, odst. 2 s. ř. s.
15. Podle § 34 odst. 1 věty první zákona o daních z příjmů, platí, že od základu daně lze odečíst daňovou ztrátu, která vznikla a byla vyměřena za předchozí zdaňovací období nebo jeho část, a to nejdéle v 5 zdaňovacích obdobích následujících bezprostředně po období, za které se daňová ztráta vyměřuje.
16. Podle § 38r odst. 2 věty před středníkem zákona o daních z příjmů bylo-li možné uplatnit daňovou ztrátu nebo její část ve zdaňovacích obdobích následujících po zdaňovacím období, v němž daňová ztráta vznikla, jako položku odčitatelnou od základu daně, lhůta pro stanovení daně za zdaňovací období, v němž daňová ztráta vznikla, tak i pro všechna zdaňovací období, za která bylo možné tuto daňovou ztrátu nebo její část uplatnit, končí současně se lhůtou pro stanovení daně za poslední zdaňovací období, za které bylo možné daňovou ztrátu nebo její část uplatnit.
17. Podle § 148 odst. 1 daňového řádu platí, že daň nelze stanovit po uplynutí lhůty pro stanovení daně, která činí 3 roky. Lhůta pro stanovení daně počne běžet dnem, v němž uplynula lhůta pro podání řádného daňového tvrzení, nebo v němž se stala daň splatnou, aniž by zde byla současně povinnost podat řádné daňové tvrzení.
18. Podle § 148 odst. 2 daňového řádu lhůta pro stanovení daně se prodlužuje o 1 rok, pokud v posledních 12 měsících před uplynutím dosavadní lhůty pro stanovení daně došlo k a) podání dodatečného daňového tvrzení nebo oznámení výzvy k podání dodatečného daňového tvrzení, pokud tato výzva vedla k doměření daně, b) oznámení rozhodnutí o stanovení daně, c) zahájení řízení o mimořádném opravném nebo dozorčím prostředku, d) oznámení rozhodnutí ve věci opravného nebo dozorčího prostředku, nebo e) oznámení rozhodnutí o prohlášení nicotnosti rozhodnutí o stanovení daně.
19. Podle § 148 odst. 3 daňového řádu byla-li před uplynutím lhůty pro stanovení daně zahájena daňová kontrola, podáno řádné daňové tvrzení nebo oznámena výzva k podání řádného daňového tvrzení, běží lhůta pro stanovení daně znovu ode dne, kdy byl tento úkon učiněn.
20. Podle § 148 odst. 5 daňového řádu lhůta pro stanovení daně končí nejpozději uplynutím 10 let od jejího počátku podle odstavce 1.
21. V projednávané věci žalobkyně namítala, že právo správce daně na doměření daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2017 zaniklo v důsledku prekluze.
22. Soud při posouzení této otázky vycházel z ustálené judikatury Nejvyššího správního soudu, podle níž má § 38r odst. 2 zákona o daních z příjmů povahu lex specialis vůči obecné úpravě lhůty pro stanovení daně podle § 148 daňového řádu. K tomu lze odkázat zejména na rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 15. 4. 2016, č. j. 4 Afs 251/2015-74, ze dne 9. 9. 2019, č. j. 7 Afs 134/2019-20, ze dne 13. 5. 2020, č. j. 8 Afs 58/2019-48, a ze dne 2. 7. 2020, č. j. 9 Afs 81/2020-40. Právě posledně uvedený (a žalobkyní citovaný) rozsudek výslovně zdůrazňuje, že počátek lhůty se řídí § 148 odst. 1 daňového řádu, avšak její konec v případě daňové ztráty určuje § 38r odst. 2 zákona o daních z příjmů.
23. Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 13. 5. 2020, č. j. 8 Afs 58/2019-48, připomněl, že smyslem jasně vymezené prekluzivní lhůty je zajištění právní jistoty jak na straně správce daně, tak na straně daňových subjektů, jakož i vytvoření objektivně daného časového prostoru pro vypořádání právních vztahů plynoucích z daňových povinností. Tato lhůta přitom představuje i ochranu proti svévolným zásahům do právní sféry daňových subjektů. Nejvyšší správní soud v něm současně vyslovil, že lhůta pro stanovení daně má za každé zdaňovací období svůj samostatný režim a že § 38r odst. 2 zákona o daních z příjmů nevede k neomezenému „řetězení“ lhůt, ale k tomu, že se lhůty za jednotlivá relevantní období sbíhají ke konci lhůty za poslední období, v němž bylo možno ztrátu uplatnit (srov. rovněž s rozsudkem Nejvyššího správního soudu ze dne 20. 10. 2021, č. j. 6 Afs 259/2019-41).
24. V projednávané věci tedy podle citované judikatury činila lhůta pro stanovení daně za zdaňovací období roku 2017 osm let, a to s počátkem běhu dne 2. 7. 2018 a s koncem dne 3. 7. 2026, není-li přihlíženo k případným dalším skutečnostem majícím vliv na její běh. Daňová kontrola byla zahájena dne 8. 5. 2024, tedy zjevně ještě před uplynutím této lhůty. Již z tohoto důvodu nelze přisvědčit žalobkyni, že by kontrola byla zahájena po prekluzi. Nadto platí, že zahájení daňové kontroly před uplynutím dosud běžící lhůty vyvolává ve smyslu § 148 odst. 3 daňového řádu nový běh lhůty. Současně však působí i absolutní hranice podle § 148 odst. 5 daňového řádu, tedy desetiletý limit počítaný od počátku původní lhůty. V posuzované věci by tato nejzazší hranice připadla na den 2. 7. 2028. I z tohoto pohledu tedy byla kontrola zahájena včas.
25. Žalobkyně stavěla svoji argumentaci především na tvrzení, že běh lhůty pro zahájení daňové kontroly měl být limitován povinností uchovávat účetní záznamy podle § 31 zákona o účetnictví. Takový výklad však soud nesdílí. Již žalovaný správně odkázal na rozsudek Krajského soudu v Hradci Králové ze dne 17. 2. 2021, č. j. 31 Af 61/2018-105, podle něhož základní pětiletá doba uchování účetních záznamů dle § 31 odst. 2 písm. b) zákona o účetnictví sama o sobě neznamená, že po jejím uplynutí již nemohou být tyto záznamy potřebné pro účely daňového řízení. Naopak, podle § 32 odst. 1 zákona o účetnictví musí být účetní záznamy uchovány i po uplynutí základní úschovní doby tehdy, vyžadují-li to jiné právní účely, včetně daňového řízení. V případě daňové ztráty tedy mohou být relevantní právě až do uplynutí lhůty pro stanovení daně. Uvedený rozsudek byl následně potvrzen rozsudkem Nejvyššího správního soudu ze dne 20. 7. 2021, č. j. 1 Afs 89/2021-59.
26. Soud proto nepřisvědčil ani dílčí tezi žalobkyně, že po uplynutí pětileté úschovní doby již mohl správce daně vycházet toliko z účetní závěrky a výroční zprávy, nikoli z ostatních účetních dokladů. Takový závěr z právní úpravy ani relevantní judikatury nevyplývá. Neuchová-li účetní jednotka doklady, které mohou být rozhodné pro účely daňového řízení, jde tato skutečnost zásadně k její tíži a může mít důsledky v podobě neunesení důkazního břemene v rámci případné daňové kontroly. Nelze z ní však dovozovat zánik pravomoci správce daně zahájit daňovou kontrolu či stanovit daň v rámci zákonem vymezené lhůty.
27. Neobstojí konečně ani odkaz žalobkyně na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 2. 7. 2020, č. j. 9 Afs 81/2020-40. Tento rozsudek nikterak nepodporuje závěr, že by pětiletá archivační lhůta podle zákona o účetnictví určovala nebo zkracovala lhůtu pro stanovení daně. Naopak z něj jasně plyne, že u roku, v němž vznikla daňová ztráta, se konec lhůty pro stanovení daně odvíjí od posledního roku, v němž bylo možno tuto ztrátu uplatnit, nikoli od konce základní doby uchování účetních dokladů. Žalobní konstrukce, která spojuje prekluzi práva správce daně s archivační povinností podle zákona o účetnictví, proto nemá oporu ani v zákoně ani v judikatuře správních soudů.
- Závěr a náklady řízení
28. Z uvedených důvodů vyhodnotil soud žalobní námitky jako nedůvodné a žalobu zamítl podle § 78 odst. 7 s. ř. s.
29. O podané žalobě rozhodl soud bez nařízení jednání, a to v souladu s § 51 odst. 1 s. ř. s., za presumovaného souhlasu žalobkyně a žalovaného.
30. Výrok o náhradě nákladů řízení se opírá o § 60 odst. 1 věta prvá s. ř. s., podle něhož má účastník, který měl ve věci plný úspěch, právo na náhradu nákladů řízení před soudem, které důvodně vynaložil proti účastníkovi, který ve věci úspěch neměl.
31. V souzeném případu měl úspěch žalovaný správní orgán, ten náhradu nákladů řízení nepožadoval, ostatně mu ani žádné náklady nad rámec jeho běžné činnosti nevznikly, soud proto vyslovil, že žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.
Poučení:
Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává ve dvou (více) vyhotoveních u Nejvyššího správního soudu, se sídlem Moravské náměstí 6, Brno. O kasační stížnosti rozhoduje Nejvyšší správní soud.
Lhůta pro podání kasační stížnosti končí uplynutím dne, který se svým označením shoduje se dnem, který určil počátek lhůty (den doručení rozhodnutí). Připadne-li poslední den lhůty na sobotu, neděli nebo svátek, je posledním dnem lhůty nejblíže následující pracovní den. Zmeškání lhůty k podání kasační stížnosti nelze prominout.
Kasační stížnost lze podat pouze z důvodů uvedených v § 103 odst. 1 s. ř. s. a kromě obecných náležitostí podání musí obsahovat označení rozhodnutí, proti němuž směřuje, v jakém rozsahu a z jakých důvodů jej stěžovatel napadá, a údaj o tom, kdy mu bylo rozhodnutí doručeno.
V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie.
Soudní poplatek za kasační stížnost vybírá Nejvyšší správní soud. Variabilní symbol pro zaplacení soudního poplatku na účet Nejvyššího správního soudu lze získat na jeho internetových stránkách: www.nssoud.cz.
Liberec 9. července 2026
Mgr. Karolína Tylová, LL.M.,
předsedkyně senátu
