Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedy Milana Podhrázkého, soudce Davida Hipšra a soudkyně Jiřiny Chmelové v právní věci žalobkyně: M + M s.r.o., se sídlem Karlovarská třída 390, Kamenné Žehrovice, zastoupená Mgr. et Mgr. Romanem Hoštou, advokátem se sídlem Váňova 3180, Kladno, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, se sídlem Masarykova 427/31, Brno, o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Krajského soudu v Praze ze dne 28. 8. 2025, č. j. 51 Af 2/2025-56,
takto:
- Kasační stížnost se zamítá.
- Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.
Odůvodnění:
I. Vymezení věci
[1] Finanční úřad pro Středočeský kraj (správce daně) provedl u žalobkyně daňovou kontrolu na daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období roků 2019 a 2020, a to v rozsahu výdajů (nákladů) vynaložených na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů. V návaznosti na to dodatečnými platebními výměry ze dne 15. 5. 2023 a 22. 5. 2023 doměřil žalobkyni daň v celkové výši 335 730 Kč, stanovil penále v celkové výši 97 051 Kč a zrušil daňovou ztrátu ve výši 2 990 431 Kč. Správce daně požadoval, aby žalobkyně prokázala, že v souladu s § 24 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, oprávněně zahrnula plnění od společnosti Švarcová – Švarc, spol. s r.o. a P. K. do výdajů (nákladů) vynaložených na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů. Žalobkyně nepředložila skladovou evidenci, nedoložila žádné doklady o prodeji dřevovýrobků uvedeným subjektům, z hlavní účetní knihy správce daně ani nezjistil, že by žalobkyně o prodeji tohoto zboží účtovala a že by příjmy z jeho prodeje zahrnula do výnosů. Tato skutečnost nevyplývala z evidence pro účely DPH. Tvrzení žalobkyně nepotvrdili ani vyslechnutí svědci. Správce daně proto zahrnutí nákladů na nákup dřevovýrobků do nákladů neuznal.
[2] Proti dodatečným platebním výměrům se žalobkyně bránila odvoláním, které žalovaný rozhodnutím ze dne 15. 11. 2024, č. j. 34467/24/5200-11434-713180, zamítl a dodatečné platební výměry potvrdil. Žalovaný se zabýval tím, zda žalobkyně splnila podmínky pro uplatnění nákladů podle § 24 odst. 1 zákona o daních z příjmů, tedy zda jí takové náklady skutečně vznikly a zda prokázala, že je tvrzeným způsobem vynaložila. Dospěl k závěru, že žalobkyně své důkazní břemeno neunesla. Nebyla schopna prokázat, že použila dřevovýrobky jí uváděným způsobem, tedy jejich spotřebu promítnutím do výnosů kontrolovaných období. Žalobkyní navrhovaný opakovaný výslech svědků by byl nadbytečný. Zástupce žalobkyně se před provedením svědeckých výpovědí mohl seznámit se spisem, případně mohl požádat o změnu termínu jejich konání. Taková žádost ale podána nebyla. Žalovaný proto nesouhlasil, že by byla procesní práva žalobkyně krácena. Žalobkyně rovněž nemohla předložit kompletní evidenci EET za rok 2020, neboť ukončila EET k 21. 10. 2020. Pokladní doklady EET ani neobsahovaly údaje, jaké zboží, v jakém množství a za kolik bylo prodáno. Doklady o prodeji zboží žalobkyně nepředložila. Ani vytvořené přehledy EET použití nákladů dle § 24 odst. 1 zákona o daních z příjmů neprokazují.
[3] Rozhodnutí žalovaného žalobkyně napadla žalobou u Krajského soudu v Praze, který ji v záhlaví označeným rozsudkem zamítl. Shledal, že napadené rozhodnutí je přezkoumatelné, naopak žalobkyně ve svých námitkách setrvala na povšechných tvrzeních, aniž by je řádně doložila. Žalobkyně neprokázala daňovou uznatelnost nákladů na pořízení dřevovýrobků v dotčených zdaňovacích obdobích. Sice se snažila svojí argumentací navodit zdání, že důkazní břemeno unesla a že orgány finanční správy nehodnotily všechny důkazy. Správce daně však nikdy žalobkyni nepotvrdil, že by své důkazní břemeno unesla. Naopak správce daně unesl své důkazní břemeno a důvodně zpochybnil předložené doklady a tvrzení žalobkyně. Krajský soud souhlasil se závěrem správce daně, že z předložených dokladů nevyplynulo, že by žalobkyně sporná plnění použila na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů. Ve prospěch žalobkyně nesvědčily ani výpovědi svědků, které nepotvrdily její tvrzení. Daňové orgány přihlédly ke všem skutečnostem, které měly být ve prospěch žalobkyně, i ke všem žalobkyní doloženým dokladům.
[4] Krajský soud se zabýval i žalobní námitkou, která směřovala proti požadavku správce daně na opakované předložení dokladů. Výzvy na předložení dokladů se týkaly daňové kontroly probíhající u jiného daňového subjektu a daňové kontroly u žalobkyně týkající se DPH. V posuzovaném řízení pak správce daně žalobkyni opětovně vyzýval k předložení dokladů, z nichž by mohl ověřit oprávněnost zahrnutí plnění od společnosti Švarcová – Švarc a od P. K. do výdajů (nákladů). Ani skutečnost, že některé doklady byly zničeny, nezbavuje daňový subjekt povinnosti prokázat skutečnosti, které tvrdí. Tvrzení žalobkyně nebylo možné ověřit ani ze záznamů z EET, neboť na účtence nebyl povinen poplatník uvádět, jakého konkrétního zboží se přijatá tržba týká. Ani srovnání dat z EET, které provedl správce daně, neprokázalo tvrzení žalobkyně. Žalovaný rovněž řádně odůvodnil, proč neprovedl opakované výslechy svědků. K výslechům správce daně přistoupil na návrh žalobkyně. Pokládal jim otázky na základě předchozích vyjádření žalobkyně. Svědecké výpovědi však tvrzení žalobkyně neprokázaly. Skutečnost, že si žalobkyně vybrala zástupce několik dní před provedením výslechů, také není relevantní. Bylo na žalobkyni, jaký postup při hájení svých práv zvolí a nic jí nebránilo, aby si zvolila zástupce dříve. Zástupce byl přítomen výslechům manželů Švarcových i P. K., možnost klást svědkům otázky využil jen v případě Miroslavy Švarcové. Zástupce se rovněž po výslechu svědků seznámil s daňovým spisem. Žalobkyně důvody pro opakovaný výslech svědků uváděla jen v obecné rovině. Netvrdila žádné nové okolnosti, k nimž by měli svědci vypovídat. Zástupce žalobkyně mohl požádat o přeložení termínů výslechů, což neučinil (ve spisu o tom není záznam).
II. Obsah kasační stížnosti a vyjádření žalovaného
[5] Žalobkyně (stěžovatelka) podala proti rozsudku krajského soudu kasační stížnost. Předně namítá, že ve správním řízení došlo k porušení jejího práva na spravedlivý proces. Stěžovatelka spatřuje zásadní procesní vadu ve znemožnění efektivní realizace jejích procesních práv při výslechu svědků. Zástupce stěžovatelky převzal zastoupení těsně před konáním výslechů a neměl dostatečný časový prostor k seznámení se s daňovým spisem a k přípravě na výslech. O změnu termínu žádal telefonicky. Krajský soud pak formalisticky uvedl, že bylo čistě na její vůli, kdy si zvolí zastoupení a že ve spise není žádný záznam o žádosti o změnu termínu výslechu. Tento závěr je v rozporu s právem na spravedlivý proces a právem na efektivní právní pomoc. Formální přítomnost zástupce bez znalosti spisu nenaplňuje materiální podstatu tohoto práva a chybějící záznam o telefonické žádosti nemůže jít k tíži stěžovatelky. Pochybení spatřuje i v odmítnutí návrhu na opakovaný výslech svědků v odvolacím řízení, který měl sloužit k nápravě procesní vady prvního výslechu, zajištění konfrontace svědků a ověření jejich věrohodnosti prostřednictvím zástupce. Krajský soud v tomto směru nesprávně aplikoval judikaturu Nejvyššího správního soudu.
[6] Krajský soud se dopustil i nesprávného právního posouzení tím, že se přiklonil k přepjatému formalismu u požadavků na formu důkazních prostředků. Soud klade nepřiměřený důraz na chybějící skladovou evidenci, ale přehlíží, že stěžovatelka tvrdila okamžitý zpětný prodej. Pokud bylo zboží pořízeno a hned prodáno, fyzicky se na skladě nenachází. V takovém případě ztrácí průběžná skladová evidence na svém významu a požadavek na její předložení k prokázání transakce nerespektuje ekonomickou realitu. Nepřezkoumatelné a nelogické jsou pak závěry ohledně EET. Soud argumentuje, že denní tržby byly příliš nízké na to, aby odpovídaly prodeji dřevovýrobků. Stěžovatelka však tvrdila specifický B2B zpětný prodej společnosti Švarcová – Švarc. Analýza souhrnných dat z EET nemůže spolehlivě vyvrátit existenci specifických transakcí s konkrétním odběratelem. Stěžovatelka dále namítala, že správci daně prvotně předložila účetnictví, které jí bylo vráceno a následně byly některé doklady zničeny. Ačkoliv krajský soud odkazuje na objektivní odpovědnost za účetnictví, nevypořádal se s tím, že správce daně měl možnost si relevantní doklady ponechat nebo si pořídit kopie. Pokud správce daně svou nečinností přispěl k situaci, že důkazní prostředky už nejsou k dispozici, a poté je požaduje znovu, jedná se o porušení zásady součinnosti a šetrnosti.
[7] Nakonec stěžovatelka namítá nezákonnost spočívající v nerespektování principu ekonomické racionality a meze důkazního břemene, čímž (jak sama uvádí) Nejvyššímu správnímu soudu předkládá k úvaze novou právní argumentaci (označenou jako „NEW“). Je nesporné, že vynaložila náklady na pořízení dřevovýrobků, náklad reálně vznikl a snížil její majetek. Závěr krajského soudu o neuznatelnosti těchto nákladů znamená, že stěžovatelka nakoupila zboží, které následně „zmizelo“, aniž by generovalo příjem. Správce daně přitom neprokázal, že by zboží bylo využito pro účely nesouvisející s podnikáním. Pokud daňový subjekt prokáže vynaložení nákladu na pořízení obchodního majetku, ale selže v prokázání konkrétního způsobu jeho využití pro generování příjmů, nemůže být automatickým důsledkem úplné vyloučení nákladů, pokud správce daně neprokáže využití tohoto majetku pro účely nesouvisející s podnikáním. Mechanická aplikace pravidel o důkazním břemeni vede k nespravedlivému zdanění fiktivních zisků. Pochybnosti správce daně podle § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu musí být rozumné. Pokud nejde daň stanovit dokazováním, avšak je zjevné, že náklady byly vynaloženy v rámci ekonomické činnosti a nebyly zneužity, je povinností správce daně přejít na stanovení podle pomůcek.
[8] Žalovaný ve vyjádření ke kasační stížnosti předně nesouhlasí s námitkou vztahující se k procesním pochybením při výslechu svědků. Správce daně přistoupil k výslechům na návrh stěžovatelky a otázky svědkům kladl k objasnění skutkového stavu. U prvního výslechu byl přítomen jednatel stěžovatelky, u druhého i její zástupce. Bylo zcela na stěžovatelce, kdy si zvolí zástupce a jaký zvolí postup při hájení svých práv. Udělení zmocnění nemá vliv na provedení výslechu svědka. Ze správního spisu je zjevné, že stěžovatelka byla řádně a v dostatečném časovém předstihu vyrozuměna o konání výslechů. Zástupce se mohl po udělení zmocnění s daňovým spisem seznámit, popř. požádat o změnu termínu výslechu svědků. Žádný požadavek na odročení výslechů však vznesen nebyl. Stěžovatelka ani nijak nedoložila své tvrzení o tom, že telefonicky žádala o změnu termínu výslechu. Současně měla stěžovatelka, popř. její zástupce možnost se po konání výslechu vyjádřit, ovšem neučinila tak. Pro opakovaný výslech svědků nebyl důvod, neboť stěžovatelka pro to neuvedla žádné konkrétní skutečnosti. V odvolacím řízení ani v řízení před krajským soudem netvrdila žádné neprojednané skutečnosti, k nimž by měli svědci vypovídat. Krajský soud v tomto směru aplikoval správnou judikaturu. Skutkový stav byl i přes neprovedení opakovaných svědeckých výpovědí zjištěn úplně.
[9] Stěžovatelka své důkazní břemeno neunesla, i když měla možnost v průběhu daňové kontroly doložit jakékoliv důkazní prostředky, které by prokázaly, v jakém množství, kdy, za jakou cenu a s jakou obchodní přirážkou bylo sporné zboží prodáno. Stěžovatelka tvrdila, že spolupráce mezi ní a dodavateli probíhala tak, že v případě dřevovýrobků docházelo ke zpětnému přeprodeji, přičemž fakturace proběhla na zjednodušených daňových dokladech bez uvedení odběratelů. Toto tvrzení však nijak neprokázala. Při zahájení daňové kontroly předložila doklady, kterými potvrdila pořízení výrobků a vyznačila předkontaci zaúčtování do nákladů. Správce daně tyto doklady opatřil razítkem kontrolováno, ale nijak nekonstatoval, že by stěžovatelka doložením těchto důkazních prostředků unesla důkazní břemeno. Pro účtování a evidenci zásob zboží stěžovatelka používala způsob B, který lze použít pouze v případě, že účetní jednotka zajistí průkazné vedení evidence o zásobách. Takovou evidenci však nepředložila, jelikož nepředložila inventarizaci ani skladovou evidenci. Nepředložila ani doklady o prodeji zboží. Předložené vytištěné pásky z pokladny jsou bez dalších evidencí neověřitelné. Na základě provedených svědeckých výslechů nebylo prokázáno následné použití plnění, tj. přímá vazba na zdanitelné výnosy. Svědci popřeli, že by měli zakázáno obchodovat pod svým jménem a popřeli, že by jim měla stěžovatelka vystavovat zjednodušené daňové doklady potvrzující zpětný odkup zboží. Výslechy svědků tedy nesvědčily v její prospěch.
[10] Žalovaný nesouhlasil ani s námitkou, že skladová evidence byla bez významu s ohledem na okamžitý zpětný prodej. Navíc ji stěžovatelka poprvé uvedla až v kasační stížnosti. Nesprávné či neúplné vedení skladové evidence či inventarizace jde k tíži daňového subjektu. Ani EET doklady nemohou nahradit řádně vedenou skladovou evidenci, neboť obsahují jen celkové údaje za jednotlivý doklad a souhrn celkem, ale neprokazují, které konkrétní zboží, v jakém množství, za kolik a s jakou obchodní přirážkou bylo prodáno. Krajský soud srozumitelně vysvětlil, že záznamy EET nejsou s to prokázat tvrzení stěžovatelky, jelikož poplatník nebyl povinen na účtence uvádět, jakého konkrétního zboží se přijatá tržba týkala. Sama stěžovatelka tvrdila, že na dřevovýrobky vystavila zjednodušené daňové doklady, aniž by alespoň jeden doložila. Žalovaný provedl v odvolacím řízení srovnání dat z EET, ale ani to neprokázalo tvrzení stěžovatelky. Pokud stěžovatelka nyní zpochybňuje relevanci záznamů z EET, žalovaný k tomu zdůraznil, že hodnocení EET provedl právě na základě námitky stěžovatelky. Co se týče dokladů, které stěžovatelka prvotně předložila správci daně, žalovaný zdůraznil, že ty nebyly klíčové a neunesla jimi důkazní břemeno vztahující s k prokázání prodeje. Správce daně tyto doklady stěžovatelce vrátil a následně byly některé zničeny, aniž by si správce daně doklady okopíroval či ponechal, to je ale v dané věci irelevantní. Stěžovatelka měla své tvrzení prokázat jinými důkazními prostředky. Stěžovatelka navrhla výslechy svědků, které správce daně předvolal, čímž poskytl stěžovatelce součinnost při dokazování. Ani provedenými výslechy svědků však stěžovatelka své důkazní břemeno neusnesla. Ke kasační námitce nerespektování ekonomické racionality, v níž stěžovatelka nesouhlasí s úplným vyloučením nákladů z důvodu důkazní nouze, pak žalovaný uvedl, že se jedná o zcela novou argumentaci, která nebyla uplatněna v žalobě.
III. Posouzení věci Nejvyšším správním soudem
III.1 Přípustnost kasačních námitek
[11] Nejvyšší správní soud se nejen s ohledem na vyjádření žalovaného nejprve zabýval přípustností jednotlivých kasačních námitek. Řízení před Nejvyšším správním soudem je postaveno na kasačním principu. Podle § 104 odst. 4 s. ř. s. jsou nepřípustné důvody, které stěžovatelka neuplatnila v řízení před krajským soudem, ač tak učinit mohla. Ke skutečnostem uplatněným teprve poté, kdy bylo vydáno napadené rozhodnutí, pak Nejvyšší správní soud podle § 109 odst. 5 s. ř. s. nepřihlíží. Výjimkou je situace, kdy stěžovatelka určitou námitku nebo skutečnost objektivně nemohla uplatnit dříve (nález Ústavního soudu ze dne 21. 9. 2016, sp. zn. I. ÚS 3006/15). Nepřípustné jsou také kasační námitky, které se míjejí s rozhodovacími důvody napadeného rozsudku (usnesení NSS ze dne 21. 7. 2022, č. j. 8 As 119/2022-19, bod 7, či ze dne 4. 3. 2004, č. j. 1 Azs 23/2004-55).
[12] Stěžovatelka v kasační stížnosti mimo jiné uplatňuje argumentaci, která se vztahuje k nerespektování principu ekonomické racionality a meze aplikace důkazního břemene (část II.C kasační stížnosti). Podle stěžovatelky nemůže aplikace důkazního břemene v daňovém řízení vést k závěrům, které jsou ekonomicky absurdní a odporují cíli daňového řízení, kterým je správné zjištění a stanovení daně. Mechanická aplikace pravidel o důkazním břemeni vede k nespravedlivému zdanění fiktivních zisků. Pochybnosti správce daně musí být rozumné. Pokud ale vedou k ekonomicky absurdnímu scénáři, za rozumné je považovat nelze.
[13] Tuto argumentaci nicméně stěžovatelka uvedla v kasační stížnosti poprvé, ostatně ji i sama označila za novou argumentaci, kterou reaguje na „formalistický přístup nižších instancí“. Daná argumentace však nijak konkrétně nenavazuje na odůvodnění napadeného rozsudku krajského soudu a nereaguje přímo na jeho závěry. Stěžovatelka pouze poukazuje na to, že uvedený závěr o neuznatelnosti nákladů, který aproboval i krajský soud, je ekonomicky iracionální. Takovou polemiku (navíc dosti obecnou) o ekonomické racionalitě uznatenosti nebo neuznatelnosti nákladů ale stěžovatelka mohla uplatnit již v žalobě, neboť přímo navazuje už na závěry uvedené v rozhodnutích správce daně a žalovaného. Rozšiřuje-li tedy navrhovatelka tímto způsobem svoji argumentaci, ačkoliv takové námitky mohla uplatnit již v řízení před krajským soudem, jedná se v souladu se shora popsanými principy kasačního řízení o námitky nepřípustné.
III.2 Námitky nepřezkoumatelnosti
[14] Z přípustných námitek se Nejvyšší správní soud zabýval v prvé řadě námitkami podle § 103 odst. 1 písm. d) s. ř. s., které směřují vůči nepřezkoumatelnosti rozsudku pro nedostatek důvodů. Podle ustálené judikatury se za nepřezkoumatelné pro nedostatek důvodů považuje mimo jiné takové rozhodnutí, v němž nebyly vypořádány všechny námitky; dále rozhodnutí, z jehož odůvodnění není zřejmé, proč právní argumentaci účastníka řízení soud považoval za nedůvodnou (rozsudky NSS ze dne 28. 8. 2007, č. j. 6 Ads 87/2006-36, č. 1389/2007 Sb. NSS, ze dne 23. 6. 2005, č. j. 7 As 10/2005-298, č. 1119/2007 Sb. NSS, či ze dne 11. 8. 2004, č. j. 5 A 48/2001-47, č. 386/2004 Sb. NSS). S ohledem na kasační argumentaci stěžovatelky, která nepřezkoumatelnost namítá i ve vztahu k rozhodnutí žalovaného, je pak nutno zmínit, že nepřezkoumatelným může být i rozsudek, který přezkoumá nepřezkoumatelné rozhodnutí správního orgánu (rozsudky NSS ze dne 13. 6. 2007, č. j. 5 Afs 115/2006-91; či ze dne 30. 11. 2023, č. j. 8 As 137/2022-67, bod 27). Nepřezkoumatelnost je ale třeba vykládat v souladu s jejím skutečným smyslem. Jde totiž o jednu z nejzávažnějších vad řízení. Lze ji proto konstatovat v případě, že pro výše uvedené důvody skutečně nelze seznat, proč soud (správní orgán) rozhodl tak, jak je uvedeno ve výroku posuzovaného rozhodnutí, resp. proč považoval vznesené námitky za nedůvodné (rozsudek NSS ze dne 4. 3. 2022, č. j. 5 As 158/2021-36, bod 18, a tam citovaná judikatura).
[15] Stěžovatelka v této souvislosti namítá nepřezkoumatelnost závěrů krajského soudu k hodnocení dat z EET ve vztahu k její obhajobě. Tvrdí, že se jednalo o zpětný prodej dřevovýrobků společnosti Švarcová – Švarc a analýza souhrnných dat z EET nemůže spolehlivě vyvrátit existenci specifických transakcí s konkrétním odběratelem, neboť EET neobsahuje položkový rozpis prodaného zboží. Podle Nejvyššího správního soudu však tato námitka není důvodná. Krajský soud na základě obsahu daňového spisu shrnul (bod 58 a násl. napadeného rozsudku), že stěžovatelka nepředložila k tržbám v hotovosti žádné daňové doklady, které by prokázaly, jaké zboží, v jakém množství, kdy a za jakou cenu prodala. Předložila jen faktury vydané s hodnotou plnění nad 10 000 Kč a pásky z pokladny s celkovou denní tržbou. EET navíc ukončila ke dni 21. 10. 2020, proto ani nemohla předložit kompletní záznamy za rok 2020. Krajský soud dále vysvětlil, že mu ani není zřejmé, jak by měly záznamy z EET prokázat nárok stěžovatelky. Poplatník nebyl povinen uvádět na účtence, jakého konkrétního zboží se souhrnně uváděná přijatá tržba týká. Sama stěžovatelka uvedla, že na dřevovýrobky vystavila zjednodušené daňové doklady společnosti Švarcová – Švarc, ale žádný z těchto dokladů nedoložila. Správce daně v odvolacím řízení zjistil ze srovnání dat z EET, že denní tržby stěžovatelky se pohybovaly v řádech desítek či stovek korun, a nedosahovaly ani minimální výše nákladů na pořízení dřevovýrobků. Dřevovýrobky přitom měly být podle tvrzení stěžovatelky obratem prodány prostřednictvím maloobchodního prodeje společnosti Švarcová – Švarc. Ani ze srovnání dat z EET se tedy podle krajského soudu neprokázalo tvrzení stěžovatelky. Takové vypořádání považuje Nejvyšší správní soud za dostatečnou reakci krajského soudu na danou část argumentace stěžovatelky. Navíc uvedené námitky svědčí spíše o nesouhlasu stěžovatelky se samotným věcným posouzením krajského soudu, nikoliv nepřezkoumatelnosti napadeného rozsudku.
[16] Nejvyšší správní soud shledává přezkoumatelnou i argumentaci krajského soudu týkající se dokladů, které měly být zničeny a následně opakovaně požadovány správcem daně. Krajský soud se podle stěžovatelky nevypořádal s námitkou, že správce daně měl možnost si relevantní podklady při prvotním předložení ponechat nebo pořídit kopie. Krajský soud se však podrobně zabýval namítanými požadavky správce daně na opakované předložení dokladů v bodech 66 a násl. svého rozsudku. V tomto kontextu vysvětlil, že správce daně jednak požadoval od stěžovatelky předložit doklady, které se týkaly daňové kontroly u jiného daňového subjektu. A dále požadoval, aby stěžovatelka předložila doklady, kterými prokáže, že v souladu s § 24 zákona o daních z příjmů oprávněně zahrnula plnění od společnosti Švarcová – Švarc a od P. K. do výdajů (nákladů) vynaložených na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů. Stěžovatelka totiž předložila pouze faktury vydané. Nepředložila však paragony za prodej zboží přes pokladnu, proto správce daně nemohl ověřit, jaké zboží stěžovatelka prodala zákazníkům. Při prvotním předložení dokladů tak stěžovatelka nepředložila doklady, které by potvrzovaly následný prodej dřevovýrobků od společnosti Švarcová – Švarc a od P. K.. Následně správce daně vyzval stěžovatelku, aby opětovně předložila výdajové pokladní doklady a zjednodušené výdajové pokladní doklady. Správce daně tedy požadoval doklady, které by dokládaly hotovostní platby stěžovatelky za jí odebrané zboží. Stěžovatelka při ústním jednání předala správci daně výdajové pokladní doklady za leden 2019 až prosinec 2020 s výjimkou dokladů vystavených společností Švarcová – Švarc a P. K.. Ty měly být zničeny tchánem jednatele stěžovatelky. Nejedná se ale o doklady, kterými by mohla stěžovatelka prokázat, že dřevovýrobky použila k dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů. Chybějící doklady k plněním, které stěžovatelka odebrala, si následně správce daně obstaral sám. Krajský soud se tedy touto námitkou dostatečně zabýval a vysvětlil, že namítané zničení dokladů se netýkalo těch dokladů, kterými stěžovatelka mohla unést důkazní břemeno.
III.3 Námitky porušení procesních práv stěžovatelky
[17] Dále se Nejvyšší správní soud zabýval námitkami podle § 103 odst. 1 písm. b) s. ř. s., které směřují k vadám správního řízení, které měly spočívat ve znemožnění výkonu procesních práv stěžovatelky při výslechu svědků. Stěžovatelka požadovala, aby správce daně v odvolacím řízení opakovaně provedl výslech P. K. a manželů Švarcových. Krajský soud podle ní nesprávně aplikoval judikaturu a k vypořádání námitky přistoupil formalisticky.
[18] Krajský soud se vypořádání námitky vztahující se k opakovaným výslechům svědků podrobně věnoval v bodech 82 a násl. napadeného rozsudku. Odkázal zejména na rozsudek NSS ze dne 24. 9. 2020, č. j. 8 Afs 304/2018-42, podle něhož orgány finanční správy nemají bezpodmínečnou povinnost zopakovat výslech svědka, a opakovaný výslech svědka lze provést pouze za předpokladu, že dřívější výslech byl proveden v rozporu se zákonem, nebo pokud byl proveden v jiném daňovém řízení a jsou splněny podmínky podle § 93 odst. 3 daňového řádu, nebo pokud by se měl svědek vyjádřit k novým, dosud neprojednaným okolnostem věci. Pokud správce daně k opakovanému výslechu svědka nepřistoupí, musí tento krok řádně odůvodnit. K tomu Nejvyšší správní soud dodává, že i pozdější (navazující) judikatura setrvala na uvedených předpokladech pro opakovaný výslech svědka v daňovém řízení (např. rozsudek NSS ze dne 31. 1. 2024, č. j. 2 Afs 95/2023-42, bod 33, ze dne 21. 11. 2024, č. j. 1 Afs 30/2024-70, bod 23, ze dne 26. 3. 2025, č. j. 1 Afs 266/2024-101, bod 160, ze dne 26. 11. 2025, č. j. 8 Afs 23/2025-32, bod 35, a ze dne 30. 1. 2026, č. j. 5 Afs 141/2024-49, bod 35).
[19] Podle krajského soudu v projednávané věci nebyla žádná z uvedených podmínek pro opakování výslechu svědka splněna. Stěžovatelka uváděla jen obecně, že svědkům nebyly položeny otázky k rozhodným skutečnostem a že se její zástupce nemohl dopředu seznámit s daňovým spisem. K tomu Nejvyšší správní soud uvádí, že stěžovatelka nezpochybňuje, že po dobu daňového řízení ani po dobu řízení před krajským soudem neuvedla žádné konkrétní skutečnosti, které měly být opakovaným výslechem svědků prokázány. V kasační stížnosti pak uvádí pouze obecné tvrzení o potřebnosti konfrontovat svědky a ověřit jejich věrohodnost.
[20] Správce daně přistoupil k výslechům uvedených svědků na základě návrhu stěžovatelky. Nejdříve provedl výslech P. K., při němž byl přítomen jednatel stěžovatelky, který se v průběhu svědecké výpovědi nevyjadřoval a nevznesl žádné dotazy ani námitky. Následně správce daně přistoupil k druhému výslechu P. K. a k výslechu manželů Švarcových, kterým byl přítomen jednatel stěžovatelky i její zástupce. Zástupce pouze uvedl, že případné dotazy vznese dodatečně po prostudování spisu, nicméně následně žádné dotazy ani námitky nevznesl, a to ani po nahlížení do daňového spisu. O opakovaný výslech svědků požádala stěžovatelka až v odvolacím řízení s odůvodněním, že jejímu zástupci nebylo umožněno seznámit se v předstihu se spisovým materiálem a nebylo možné klást svědkům rozhodné otázky. Ani v odvolacím řízení však nespecifikovala, o jaké konkrétní rozhodné otázky mělo jít. S ohledem na shora citovanou judikaturu tedy nebyly naplněny podmínky pro opakovaný výslech, jelikož se nejednalo ani o to, že by výslechy byly provedeny v rozporu se zákonem, výslechy ani nebyly provedeny v jiném daňovém řízení za splnění podmínek podle § 93 odst. 3 daňového řádu, a ani se svědci neměli vyjádřit k novým, dosud neprojednaným okolnostem věci.
[21] Co se týče námitky, že se zástupce stěžovatelky nemohl dostatečně seznámit s daňovým spisem, k tomu již krajský soud uvedl, že si stěžovatelka sice zvolila zástupce několik dní před provedením výslechů, ale bylo jen na její vůli, jaký postup při hájení svých práv zvolí. Z daňového spisu neplyne, že by stěžovatelka či její zástupce požadovali změnu termínu konání svědeckých výpovědí. Pouze v obecné rovině pak zůstává i tvrzená telefonická žádost stěžovatelky o změnu termínu konání svědeckých výpovědí, která nevyplývá z daňového spisu, ani ji stěžovatelka nijak blíže nespecifikovala v žalobě. Uvedená argumentace stěžovatelky je navíc na samé hranici přípustnosti (viz judikatura k přípustnosti kasační stížnosti shora). Jedná se totiž v převážné míře o opakování žalobní argumentace, kterou stěžovatelka nijak konkrétně nerozvedla. Z protokolů o výpovědi svědků ze dnů 27. 2. a 28. 2. 2023 především vyplývá, že zástupce stěžovatelky byl přítomen při druhém výslechu P. K. i při výslechu manželů Švarcových, a žádné dotazy nevznesl ani dodatečně po nastudování daňového spisu. Je tedy zřejmé, že stěžovatelce a jejímu zástupci byla zajištěna reálná možnost účastnit se výslechu svědků a klást jim otázky, popř. vznést konkrétní dotazy či námitky i dodatečně. Tuto možnost ale stěžovatelka ani její zástupce nevyužili. Ostatně, jak již uvedl krajský soud, jeví se, že stěžovatelka s obsahem výpovědí svědků nesouhlasí, neboť svědecké výpovědi nepotvrdily její argumentaci. To však samo o sobě není důvod pro opakovaný výslech svědků.
[22] V dané věci tedy nebyla splněna žádná z výše vymezených podmínek pro opakování výslechu svědků. Je přitom podstatné, že výslechy svědků provedl správce daně na základě návrhu stěžovatelky, čímž vyhověl jejímu důkaznímu návrhu. Stěžovatelka i její zástupce měli možnost účastnit se výslechů svědků a pokládat jim otázky, avšak během výslechů (ani později) svědkům žádné otázky nepoložili. Následně pak v průběhu daňového ani soudního řízení stěžovatelka nespecifikovala, jaké konkrétní otázky neměla možnost svědkům položit. Současně žalovaný odůvodnil, proč k opakovanému výslechu svědků v odvolacím řízení nepřistoupil. Procesní práva stěžovatelky proto nebyla v tomto směru v průběhu daňového řízení nijak porušena, a i tento okruh kasačních námitek je nedůvodný.
III.4 Námitky nesprávného hodnocení důkazů
[23] Klíčovou otázkou v daném sporu pak bylo to, zda stěžovatelka unesla své důkazní břemeno ve vztahu k tomu, jestli náklady na dřevovýrobky pořízené ve zdaňovacím období let 2019 a 2020 vynaložila za účelem dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů podle § 24 odst. 1 zákona o daních z příjmů. Námitky stěžovatelky v tomto ohledu směřují do nesprávného právního posouzení podle § 103 odst. 1 písm. a) s. ř. s.
[24] V prvé řadě stěžovatelka namítala, že krajský soud kladl nepřiměřený důraz na chybějící skladovou evidenci, avšak přehlédl, že stěžovatelka tvrdila okamžitý zpětný prodej zboží. V takovém případě podle ní ztrácí skladová evidence na svém významu. Dále stěžovatelka nesouhlasila ani se závěry krajského soudu ohledně EET. Předložené důkazy hodnotily správní orgány i krajský soud přepjatě formalisticky.
[25] Nejvyšší správní soud se ztotožňuje se stěžovatelkou v tom, že daňové řízení nesmí být založeno na přepjatém formalismu. Daňovou uznatelnost výdajů nelze podmiňovat existencí jediného konkrétního typu důkazního prostředku. Daňový subjekt může rozhodné skutečnosti prokázat jakýmikoli důkazními prostředky, které ve svém souhrnu vytvářejí dostatečně věrohodný obraz skutkového stavu, což ostatně vyplývá už z § 93 odst. 1 daňového řádu, podle něhož lze jako důkazních prostředků užít všech podkladů, jimiž lze zjistit skutečný stav věci a ověřit skutečnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně a které nejsou získány v rozporu s právním předpisem. Absence určité evidence sama o sobě tedy nemusí vést k závěru o neunesení důkazního břemene (obdobně viz usnesení rozšířeného senátu NSS ze dne 13. 2. 2024, č. j. 8 Afs 296/2020-133, č. 4581/2024 Sb. NSS, bod 42). Taková situace však v nyní projednávané věci nenastala.
[26] Daňové řízení je postaveno na zásadě, že daňový subjekt má povinnost daň přiznat (břemeno tvrzení) a povinnost toto své tvrzení prokázat (břemeno důkazní). Daňový subjekt prokazuje všechny skutečnosti, které je povinen uvádět v daňovém tvrzení či jiných podáních nebo k jejichž prokázání byl správcem daně v průběhu daňového řízení oprávněně vyzván (viz § 92 daňového řádu). Je tedy odpovědný za to, že jím předložené důkazy budou prokazovat jeho tvrzení. Svá tvrzení prokazuje zejména svým účetnictvím a jinými povinnými evidencemi a záznamy. Předloží-li daňový subjekt formálně bezvadné účetní doklady, přenáší se důkazní břemeno na správce daně, který je následně povinen prokázat případné pochybnosti týkající se věrohodnosti, průkaznosti, správnosti či úplnosti účetnictví a jiných povinných záznamů. Pokud správce daně vážné a důvodné pochyby prokáže, důkazní břemeno přechází zpět na daňový subjekt (viz např. rozsudky NSS ze dne 30. 4. 2020, č. j. 1 Afs 174/2019-34, bod 23, ze dne 22. 8. 2013, č. j. 1 Afs 21/2013-66, bod 35 a 36, ze dne 26. 9. 2012, č. j. 8 Afs 14/2012-61, nebo ze dne 30. 1. 2008, č. j. 2 Afs 24/2007-119, č. 1572/2008 Sb. NSS).
[27] Nejvyšší správní soud ověřil, že správce daně výzvami k prokázání skutečností ze dnů 12. 12. 2022 a 20. 12. 2022 vyzval stěžovatelku, aby doložila, že náklady na pořízení dřevovýrobků od společnosti Švarcová – Švarc a od P. K. oprávněně zahrnula do nákladů vynaložených na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů podle § 24 odst. 1 zákona o daních z příjmů. V dané věci je pak zásadní, že správce daně těmito výzvami k prokázání skutečností důvodně zpochybnil stěžovatelkou předložené doklady a její tvrzení, a unesl tak důkazní břemeno podle § 92 daňového řádu. Ve výzvách vysvětlil, proč z předložených dokladů nevyplynulo, že stěžovatelka použila sporná plnění na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů. Prodej dřevovýrobků nevyplynul z žádného předloženého dokladu. Důkazní břemeno tak přešlo zpět na stěžovatelku, což stěžovatelka ani nezpochybňuje.
[28] Stěžovatelka na výzvy správce daně reagovala tvrzením, že dřevovýrobky přeprodávala zpět společnosti Švarcová – Švarc na její žádost. Manželé Švarcovi a P. K. pak měli tuto skutečnost potvrdit v rámci svědeckých výpovědí. Správce daně proto k výslechům svědků přistoupil. Avšak ani jeden ze svědků nepotvrdil, že by jim stěžovatelka přeprodávala zpět dřevovýrobky, které od nich odebrala. Z předložených dokladů sice vyplynulo, že nějaké zboží od stěžovatelky společnost Švarcová – Švarc odebrala, ale jednalo se o drobný rozsah zboží. Ve zdaňovacích obdobích let 2020 a 2021 však stěžovatelka odebrala dřevovýrobky v hodnotě několika milionů korun. Manželé Švarcovi nadto ani nepotvrdili, že by jim stěžovatelka předávala zjednodušené daňové doklady. Svědecké výpovědi tedy nesvědčily ve prospěch stěžovatelky a současně stěžovatelka nepředložila žádné jiné důkazní prostředky.
[29] Co se týče skladové evidence, žalovaný i krajský soud vysvětlili, že by z ní správce daně mohl ověřit, co konkrétně a kdy stěžovatelka prodala. Jelikož však stěžovatelka skladovou evidenci nevedla, nebylo možné zjistit, zda stěžovatelka prodala sporné výrobky odebrané od společnosti Švarcová – Švarc a od P. K.. Rozhodující je ale to, že správce daně nezaložil své závěry pouze na podkladu chybějící skladové evidence. Nejednalo se o jediný požadovaný důkaz. Mělo ale být jiným způsobem hodnověrně doloženo, jak stěžovatelka se sporným zbožím naložila a jaký byl pohyb tohoto zboží. V daňové řízením však nebyl doložen žádný jiný důkaz, který by tvrzený zpětný prodej dřevovýrobků potvrzoval. Stěžovatelka nepředložila žádné doklady o prodeji tohoto zboží, neexistují odpovídající účetní záznamy o výnosech, tvrzené transakce nepotvrdili ani vyslechnutí svědci, ani nevyplývají z dalších předložených evidencí. Námitka stěžovatelky, že krajský soud kladl nepřiměřený důraz na chybějící skladovou evidenci, je proto také nedůvodná.
[30] K námitce ohledně EET pak Nejvyšší správní soud uvádí, že sama stěžovatelka již v odvolacím řízení namítala předložení kompletní evidence a záznamů EET. Žalovaný proto na tuto námitku reagoval již ve svém rozhodnutí. Vysvětlil, že ve vztahu k roku 2020 se ani nejednalo o kompletní evidenci, protože stěžovatelka ukončila EET ke dni 21. 10. 2020. Navíc pokladní doklady z EET nepovažoval žalovaný za dostatečný důkazní prostředek, jelikož z nich nelze prokázat, které konkrétní zboží, v jakém množství, za kolik, s jakou obchodní přirážkou bylo prodáno, neboť obsahují pouze celkové údaje za jednotlivý doklad a souhrn celkem. EET realizované v roce 2019 a 2020 nemohlo nahradit řádně vedenou skladovou evidenci, z níž by byl zřejmý nákup (příjem) a prodej (výdej) zboží a konečný stav k rozvahovému dni ověřený inventarizací. Správce daně po ukončení daňové kontroly v rámci odvolacího řízení provedl srovnání dat ze systému EET. Ani na základě takto doplněného dokazovaní však nedospěl k závěru o tom, jaké konkrétní zboží stěžovatelka prodávala a neověřil z nich ani příjem a výdej konkrétního zboží na sklad.
[31] Z uvedeného vyplývá, že srovnání dat z EET bylo pouze podpůrným důkazním prostředkem. Daňové orgány tím reagovaly na námitku stěžovatelky, že sporné zboží mělo být prodáváno prostřednictvím její běžné obchodní činnosti. Pokud následně zjistily, že evidované tržby dosahovaly zpravidla jen desítek či stovek korun denně, zatímco jednotlivé dodávky dřevovýrobků byly pořizovány za částky řádově vyšší, šlo spíše o okolnost způsobilou vyvolat další pochybnosti o pravdivosti tvrzené verze skutkového děje. Správní orgány tedy svůj závěr nepostavily jen na údajích z EET, ale jednalo se pouze o dílčí indicii, která doplnila ostatní provedené důkazy.
IV. Závěr a náklady řízení
[32] Nejvyšší správní soud na základě shora uvedených závěrů neshledal kasační stížnost důvodnou, a proto ji zamítl (§ 110 odst. 1 s. ř. s.).
[33] O náhradě nákladů řízení o kasační stížnosti Nejvyšší správní soud rozhodl podle § 60 odst. 1 věty první s. ř. s. za použití § 120 s. ř. s. Stěžovatelka nebyla v řízení o kasační stížnosti úspěšná, tudíž nemá právo na náhradu nákladů řízení. Žalovanému náklady v řízení o kasační stížnosti nad rámec běžné úřední činnosti nevznikly.
Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné.
V Brně 18. září 2026
Milan Podhrázký
předseda senátu
